Identifiers and Description
Gene Model Identifier
TTHERM_00853150Standard Name
RDR1 (RNA-Dependent RNA polymerase 1)Aliases
PreTt01214 | 150.m00106 | 3834.m00380Description
RDR1 RNA-dependent RNA polymerase RdRP2; RNA-Dependent RNA polymerase; associated with RNA silencingGenome Browser (Macronucleus)
Genome Browser (Micronucleus)
External Links
Gene Ontology Annotations
Cellular Component
- cytoplasm (IDA) | GO:0005737
- nuclear RNA-directed RNA polymerase complex (IDA) | GO:0031380
- RNA-directed RNA polymerase complex (IDA) | GO:0031379
Domains
Gene Expression Profile
Vegetative Cell Cycle (Zhang et al., 2023)
GeneMania
Tetrahymena Stock Center
- ( SD02508 ) Micronucleus: neo2 into RDR1
- ( SD02509 ) Micronucleus: neo2 into RDR1
- ( SD02510 ) Micronucleus: neo2 into RDR1
- ( SD02511 ) Micronucleus: neo2 into RDR1
- ( SD02512 ) Macronucleus: HA-FLAG tag of RDR1
- ( SD02513 ) Macronucleus: HA-FLAG tagged RDR1 with neo3 in flank
- ( SD02514 ) Macronucleus: HA-FLAG tagged RDR1 with neo3 in flank
- ( SD02515 ) Macronucleus: HA-FLAG tagged RDR1 with neo3 in flank
Homologs
Source Identifier Score Tetrahymena borealis EI9_15934.1 9.997093137033517e-262 Description: RNA dependent RNA polymerase (1446 aa) Oxytricha Contig20928.0.g67 5.001369568193564e-73 Description: RNA dependent RNA polymerase DictyBase DDB_G0291249 6.999507172836373e-51 Description: rrpB on chromosome: 6 position 442657 to 449964 WormBase WBGene00004510 2.99915080840225e-45 Description: locus:rrf-3 status:Partially_confirmed UniProt:G5EE53 protein_id:CAA88315.2 Stentor Coeruleus SteCoe_15527 4.0795586671775603e-41 Description: None
General Information
No Data fetched for General Information
Associated Literature
- Ref:22706992: Talsky KB, Collins K (2012) Strand-asymmetric endogenous Tetrahymena small RNA production requires a previously uncharacterized uridylyltransferase protein partner. RNA (New York, N.Y.) 18(8):1553-62
- Ref:20622019: Talsky KB, Collins K (2010) Initiation by a eukaryotic RNA-dependent RNA polymerase requires looping of the template end and is influenced by the template-tailing activity of an associated uridyltransferase. The Journal of biological chemistry 285(36):27614-23
- Ref:19451546: Lee SR, Talsky KB, Collins K (2009) A single RNA-dependent RNA polymerase assembles with mutually exclusive nucleotidyl transferase subunits to direct different pathways of small RNA biogenesis. RNA (New York, N.Y.) 15(7):1363-74
- Ref:19656801: Couvillion MT, Lee SR, Hogstad B, Malone CD, Tonkin LA, Sachidanandam R, Hannon GJ, Collins K (2009) Sequence, biogenesis, and function of diverse small RNA classes bound to the Piwi family proteins of Tetrahymena thermophila. Genes & development 23(17):2016-32
- Ref:17603500: Lee SR, Collins K (2007) Physical and functional coupling of RNA-dependent RNA polymerase and Dicer in the biogenesis of endogenous siRNAs. Nature structural & molecular biology 14(7):604-10
Sequences
>TTHERM_00853150(coding)
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