Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00193800

Standard Name

CHD1 (Chromo-Helicase-DNA-binding domain 1)

Aliases

PreTt06663 | 16.m00319

Description

CHD1 type III restriction enzyme res subunit family protein; SNF2-related protein

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Gene Ontology Annotations

Molecular Function

Biological Process

Domains

  • ( PF00130 ) Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1
  • ( PF00176 ) SNF2 family N-terminal domain
  • ( PF00270 ) DEAD/DEAH box helicase
  • ( PF00271 ) Helicase conserved C-terminal domain
  • ( PF00320 ) GATA zinc finger
  • ( PF00385 ) 'chromo' (CHRromatin Organization MOdifier) domain
  • ( PF00439 ) Bromodomain
  • ( PF00628 ) PHD-finger
  • ( PF04851 ) type III restriction enzyme, res
  • ( PF06304 ) Protein of unknown function (DUF1048)
  • ( PF07599 ) Protein of unknown function (DUF1563)
  • ( TIGR00864 ) polycystin cation channel protein
  • ( TIGR01612 ) rhoptry protein
  • ( TIGR01784 ) conserved hypothetical protein

Gene Expression Profile

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for Tetrahymena Stock Center

Homologs

Source Identifier Score
Stentor Coeruleus SteCoe_34011 0
Description: None
Tetrahymena borealis EI9_03657.1 9.997093137033517e-262
Description: type III restriction enzyme, res subunit protein (2156 aa)
Oxytricha Contig11634.0.g75 9.997093137033517e-262
Description: SNF2 family N-terminal domain
DictyBase DDB_G0280705 5.998685392774004e-165
Description: chdB on chromosome: 3 position 3648861 to 3656137
WormBase WBGene00007053 1.9992336839414155e-150
Description: locus:chd-7 status:Partially_confirmed UniProt:O61845 protein_id:CCD61264.1
SGD YER164W 3.998306063536528e-116
Description: CHD1 Nucleosome remodeling factor that functions in regulation of transcription elongation; contains a chromo domain, a helicase domain and a DNA-binding domain; component of both the SAGA and SLIK complexes

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

  1. Ref:29523178: Saettone A, Garg J, Lambert JP, Nabeel-Shah S, Ponce M, Burtch A, Thuppu Mudalige C, Gingras AC, Pearlman RE, Fillingham J (2018) The bromodomain-containing protein Ibd1 links multiple chromatin-related protein complexes to highly expressed genes in Tetrahymena thermophila. Epigenetics & chromatin 11(1):10
  2. Ref:9115421: Tsukiyama T, Wu C (1997) Chromatin remodeling and transcription. Current opinion in genetics & development 7(2):182-91
  3. Ref:17821280: Harrison JA, Fowler EH (1945) AN ANTIGEN-ANTIBODY REACTION WITH TETRAHYMENA WHICH RESULTS IN DYSTOMY. Science (New York, N.Y.) 102(2638):65-6

Sequences 

>TTHERM_00193800(coding)
ATGGAAATCTATTAATTTTATCAATTGAATAATCAAATTATTTGTTTGCTATTATTTTTT
ATGATAAAGATAATTAATTAATTATATGGTTAATGCTATAAAAATTCATAGCAATTAGCT
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GAAAAGAACAAAAGAAAAAATATATATAAAGAAATAAAAAAAAAGATTAAAAAATAAAGA
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GTATATATTTCTGCAGAAGAAGCTGATGCATTATCTCTTTCAGTTGAGATAGATACCTTA
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CAAAATGCAAAAATTTTAGCAACATTAAAACGCTTACCTTGCAAGCGTACACTCCTTTTA
ACAGGTACTCCTATTTAAAATAACACAGAAGAACTATGGACTTTGCTTAATTACATTGAA
CCAAACAAATTTGCAAGTCTTCAAGAATTCAAAGAATAGTTTGGTGAGTTACAAAACAAA
GAATAAGTAGATAATTTGCAAGTAAAAATTAAACCATTTTTACTGAGACGTATGAAAGAA
GATGTAGAAGACAGTATTCCTCCTCTTTAAGAAACAATTATAGATATTGAAATGACTACT
CTCTAAAAAACTCTTTATCGTGCTATCTATGAAAGAAATAAAAGTATGCTCCAAAAGAAT
TTTTCATCTATGGCTATGAATACTTCACTTAACAATTTAGAAATGCAACTCAGAAAATGT
TGCAATCATCCTTTCTTAATTAAAGAAATGGAAATAGAACTCACCCAAAATTTTAAAACT
TCTGAAGAGCGCTATAAATGCCTTGTTGATACTTCTGGTAAAATGATTTTACTTGATAAG
CTCGTTCAGAAATACAAAATTGAAGGAAAGAAGATTTTGATTTTCTCTTAATTCGTTTAT
ATGCTAAACTTACTTGAAGAATATCTTCGTTATCGTTAACTTAAGTATGAGAAAATTGAC
GGATCAGTTAAATCTAAAGAGCGTTAGAATGCTATTGATCGCTTCAATGACCCTGATAAA
AAGCGTGATGTTTTCTTACTTTCAACTAAAGCTGGTGGTCTTGGTATTAACTTGACATCT
GCAAATATTGTAATAATATTTGATTCAGATTGGAATCCTTAAAATGATGTCTAAGCTACT
GCTCGTGCTCATCGTATTGGCCAAAAATAAGAAGTTATGGTCTATCGTTTTATCACAAAA
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ATATTTATGGGTGGTGAGTTCAAATCAGTCTAAGGTAACAAGGATGAATCTAAGAAGCTT
GGTAAAAATGATGTAGAAAGTCTTCTGAAAAAGGGTATTCTTGGTTTGGTAAATGAAGAA
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AATACTCGTATTGCTAAGTATTCGGTCATAAATGGCAGCTATAGTTTCAGCAAAGGTTCA
TTCATATCCAACAAGGCAGATACTGACCTCAAGATTGATGATCCTAATTTTTGGAATAAA
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AAAATACTTTCTGTTGATGTTGAAGAATAAAAGAAATATTTCTTTAAAGTTTGTGAATTT
GTAAATGATCTTATTTCAAGTAAATTGAGCTTAATTGGCTACAATGCTGATGATGAAAAA
AATATTACCGATATTTTAAATAAAATTTCTGATAGTAAAGACTTCCATACTAAATATAAA
GATCTTGCAATGAATTTTATTTATGAAGTCTCTCGCCCCTCTCGTCGTTTCCGTAAAGTT
ACCTTGCAAGATTTGGATGTTACTAATCCAGAAAATCAGAAATCTAAAAAGAATATTTCC
AATTCTTCTGACGAAAATGATCTCTTTTATGATGGATACTCAGATTTAGAATCAGATGAA
TTAGGCGTTGGTTCTGTAAATAACTTCCCATCAGAAAAAAAGACTGGAAGTAAAGACAAA
GAAAAAAGTTCAGAAAATGGTGGCAGCGGAGTAAGTAAAAAAGAAGACCTCTTCAAGAAA
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TCATTCCATAGTGAATGTAAAGAGAGAGTAGAAGCAGGATGGATTAATGAAAATGGTATG
ACAAGCGAAACTAGAATCGTACCTACTGAGGATCATTACGATGAAGAACGTCTTAAAAAA
ATGTTAAATATTAACTATACATGCAAGGATTGTGAAGCAAATACAGCTATCTGCTTTATT
TGCAAAAAAAAAGGAAGTTTCTTCCCTCCTGCCGTTTTAAATAAATAAAATAAGCGTATT
TAATAATAAAAATAAAAAATTATTGCAGAGAAAGAAAAGCAAAAGGACCCATCTAATGAA
ATAGTTGAGGAATCTGAGAATGAATTAGATGAAGATTATGACTTGGTTGAAGATGATTCA
GTATCATAAAAAACAAGTGATTTGACAAAATGCTCAACTGCTAATTGTAATAAATTTTAC
CATCCTGTTTGTATTAAGCCTTATGCCTTATTCAAGTACATTGATTCAAATAATAAACGT
TTCCGTTGCCCATTACATTATTGTGCTCATTGCTTTATTTCTGGAGATTCTATGGCTATT
TCTTAATGTGTTAGATGTCCTAAAGCCTATCATCTTCGCTGCTTTGAAAAAGCTAAGGTC
CTGAAACTTACAAAAAAACTTATGCTTTGTGAAGATCACCCTCATTAATATTATAAAAAC
ATACATTCTAGCAGCGGATCTAATTCAAATAATAAAAATAGCTCATCATAATCAAATAAC
AACAACAATAATAATAATAGCAGATAGTAGAGTTCATAAAATGTATCTGCTAGTAACACT
AATACTAGATCCAAATCTGGTGCAACAAATAGCAACGATAACATTGTTGATGATACTTAA
CAAAAGAAATAAAAATTAAATAATGGTACAGGATAAGTAAGCACAAATAATAAAACTTCT
TCAAATAATTCATCCTAATAAAATGGTGTTAATTAAGCAAAGGAAGCTCTGGAAAAAGCC
ACTTAACCAGCAGCAAATTCTAATCAATCTTAAGCAAATACTTCTGGAAGAGAAGGTAGA
ATGACTCGTTCTCAAGAAAAAAATATTCAAAATTAACAATCCACAATTAGTTAATTCTTT
GGAAAAAAAGACAATAAACTTAAAGAAAAGTAAGACTAAAAAAATGTAAAATTAGAAGAT
TAAATAAATTAAGAAGGAGATGACTTAAATAACAGTCAAAATAATGGAAACTTAGAAAAC
GGAGAATAAGAATAGACTGTTGCTCCTAAACCTAAAGCTAAAAAGCCTGCTCCTCCCCCT
CCACCACCACCAAAAGAGCGTGAACCTCCTTAATTTTCATATGAAGACTTTAAGATCCCA
TCACAAAAAGACTTTGACTACCAGAAATATCAAAGGGATTGGTGCAGATATTGTGGTGCA
AGATTCTCAAGCAATTTCACAAAAGGACCATGGGGACCTAGAACACTCTGCACAGTTCAT
TATATAGCATGGAATCAAAAGAAGAAGTTGGATTTAAGGGCTTATAAAGAACTACCTACT
AAACCTATAAATCCTGATGACTAAACTGAGCTACATTTTATGAGTAGACTAAAATAAAAG
GATGAGTCTTACAATCCAGAGATTCTTTTGAAGGAGATGATGAATATTAATCTTAATGGC
CTCTCATCTTTGAATAGCTAAGAATTGAAAGATGTAAATTAGGATAGTAACTCTGGTAAA
GCTTCAAGTTCAGAAAAATAGGAATCAAAAAAAGAAACACCTGCCTCTAACACAAATAAA
AATGAAACAAAGACAGAGGAAGAAGATGGCTAAAAAATAAACAAGGTTTGA


>TTHERM_00193800(gene)
ATGGAAATCTATTAATTTTATCAATTGAATAATCAAATTATTTGTTTGCTATTATTTTTT
ATGATAAAGATAATTAATTAATTATATGGTTAATGCTATAAAAATTCATAGCAATTAGCT
TATGCCTTTTCATTAATTAAGTCTTAGATTTTTTATTAAGTATTAGCTGAATTTTCAATC
ATCATATATAATCAAATTCTCAAGCAATTATAAAGAAATAATTGGAATAAAATTAAAGAG
GAAAAGAACAAAAGAAAAAATATATATAAAGAAATAAAAAAAAAGATTAAAAAATAAAGA
AAAAATAATTAGATGTCAGGATCTGAGGATTCAATTGAAAATCAAAGTTCATTTGATGAT
GATAGTTATTCAGACGGACGTCTTCCTCGCTCATCTAAGAGAAAGGGAAGAAAACCAAAG
TAATTAAGGCCTCCCATTTTATATCAATTTCTTAAAACAAGCCAAGCCCTTCCTTTCCTT
CTCAACCTTCACTCTTACTTCCTAGCTATATAGGAATCTTTGATATATTCTCCCCACTCT
ATTTTTATCTTGAATTTTACAAAGTTATTTATTCATATTAATTGGTTTTTTTTTTTTTTG
ATTTAAGTGCTTTTATAATAAGCACCTTTGCATAAAAGCGATGATAAAAAAGTAATACTA
GGAGGGAAGTGGCGCGAAAAGAAATAAATTTTTAAATAAATCTAAATAAATATAGATCGT
AAGCCATTAAAGAAGAAGATGGAGCAGATGGTGAATTGAATGAAGAAAGGTACATTACAT
TTATATAGGATTATTTTTTTCAACTTGCAGCTAAATTACTCTTTTAGTGTTGATTTGTTT
ATTTGCATAGTCAATTAATCATATCAAAAATTACATAGAAGCAATAAAAAAGGAATAAAA
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TTAAAAAGGGTTCAGAAAGCGAATATGAGTATCTAGTGAAGTACAAAGAGTACTCTTACC
TTCATTGTGAATGGTTAGAAGAAAAAGATGTTATAGGTGATTCAAAGTCTGGAAAAAATA
AACTCAACAGATTCAACAAAAATTTTGAAAAAAAGCTTCACGACGGTGTAAGCAGCTTAC
TCTATTAACTTATATTTAATTTTGGATTTATTTAAAAAATGGCTAACAAATATATTTATT
TTTTCAAAACTCAGTCAATTACAATAAATTAGTGAAATGAGATGCCGATTGTTCTATGCA
AAAGATAAGACAAAATAAGATTTAAAAAGTGGAATTTCAACTTAGCATTCAAAACACGAA
ATATCCAGTAACCAAACTGATATTTCGAATATTATCGTTAAAATAAACCTTGCAAAGAAA
CATAACTCATTTAATAGCAAATTAGCCAAAATATTTTCCAATCCGATTCCAAACAGTAAA
ATTAAATTATTTTCTTTATAATTAGGATTTCGATGAAGATGCAGAGGAGAATGAAAGATA
TTTTGATCCTACCTATATAGAAGTAGACCGTATTCTACAATGCGTAGAACTTTTCCCAAT
AATACATCCTAAAAAGGCTAATGAAATTAAAGGTAAATGGAGCGAATTGCTTGTAGTCAT
AATACAAAAGCTCTTGAATTTTACAAAGGACGATGTGCATTATGGTATTTATTTTATGGA
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TTAAGTTAATAACTTGAGCGCCACAAAACATTACTTGATCTAGAGTAAAACCCAAAGAAA
AAGTAGAAGATTGGTCCATAAGGACTTATTGAATTAAAAAATAAACTCTTTTTCTATGAT
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AGAAAACTCCTTCGTTATTATTAATTAGAGTCTCTCAACTGGATGATTGAAGCTTGGTAT
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GCTTTTATTAATCACCTTTACACTTTTGAAAATGTTCGTGGTCCTTTCCTAATTATAGCT
CCTCTGAGTACTTTAGAGCACTGGAAGCGTAGTGTAGAAGATTGGACAAATTTAAATGCT
GTTCTTTACTATGACCACTCTGGTTAGGAAGGCCGTAATTGTTGTAGATTCTACGAATGG
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ATTCCCTTTTAATTTATTGTTGTCGATGAAGCTCACAGACTTAAAAATCAAAATGCAAAA
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ATTTAAAATAACACAGAAGAACTATGGACTTTGCTTAATTACATTGAACCAAACAAATTT
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AATTTGCAAGTAAAAATTAAACCATTTTTACTGAGACGTATGAAAGAAGATGTAGAAGAC
AGGTATGATTTTTCAATTATTATTCCTTATTAAAATTTTATTAAAAATTAATTCTCAAAA
AAATGAAAGAAAATAAAAAATTATTTGCTCATTTAAAATTTAAATAAAATTATTTCTAAC
ATTAATTTTTTATTAAGAAAAAAAATTAATTAGTGAATTTAAATTTATTAATTTTCTTAC
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ATATTGAAATGACTACTCTCTAAAAAACTCTTTATCGTGCTATCTATGAAAGAAATAAAA
GTATGCTCCAAAAGAATTTTTCATCTATGGCTATGAATACTTCACTTAACAATTTAGAAA
TGCAACTCAGAAAATGTTGCAATCATCCTTTCTTAATTAAAGAAATGGAAATAGAACTCA
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TGATTTTACTTGATAAGCTCGTTCAGAAATACAAAATTGAAGGAAAGAAGATTTTGATTT
TCTCTTAATTCGTTTATATGCTAAACTTACTTGAAGAATATCTTCGTTATCGTTAACTTA
AGTATGAGAAAATTGACGGATCAGTTAAATCTAAAGAGCGTTAGAATGCTATTGATCGCT
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GTATTAACTTGACATCTGCAAATATTGTAATAATATTTGATTCAGATTGGAATCCTTAAA
ATGATGTCTAAGCTACTGCTCGTGCTCATCGTATTGGCCAAAAATAAGAAGTTATGGTCT
ATCGTTTTATCACAAAAAAAACTTACGAGGCTGAAATGTTTGAACGTGCTACTAAAAAGC
TAGGATTAGATTAGGCTATATTTATGGGTGGTGAGTTCAAATCAGTCTAAGGTAACAAGG
ATGAATCTAAGAAGCTTGGTAAAAATGATGTAGAAAGTCTTCTGAAAAAGGGTATTCTTG
GTTTGGTAAATGAAGAAGAAGAAAACAAAAAATCTAATGAATTTTAAGAAGAAGATATTG
ATATGATTTTAAAGAACAATACTCGTATTGCTAAGTATTCGGTCATAAATGGCAGCTATA
GTTTCAGCAAAGGTTCATTCATATCCAACAAGGCAGATACTGACCTCAAGATTGATGATC
CTAATTTTTGGAATAAAGTATTAAAAGACTAAGAAAGTAAGACTTTATTGGCTCTTAAAG
AATATGATGAGCGCTCTAAAATACTTTCTGTTGATGTTGAAGAATAAAAGAAATATTTCT
TTAAAGTTTGTGAATTTGTAAATGATCTTATTTCAAGTAAATTGAGCTTAATTGGCTACA
ATGCTGATGATGAAAAAAATATTACCGATATTTTAAATAAAATTTCTGATAGTAAAGACT
TCCATACTAAATATAAAGATCTTGCAATGAATTTTATTTATGAAGTCTCTCGCCCCTCTC
GTCGTTTCCGTAAAGTTACCTTGCAAGATTTGGATGTTACTAATCCAGAAAATCAGAAAT
CTAAAAAGAGTAAATAAATAATTTGAGCTAAAATTTTTTTTTAAAGAATATTAATTTTAC
ATTTATATTAGATATTTCCAATTCTTCTGACGAAAATGATCTCTTTTATGATGGATACTC
AGATTTAGAATCAGATGAATTAGGCGTTGGTTCTGTAAATAACTTCCCATCAGAAAAAAA
GACTGGAAGTAAAGACAAAGAAAAAAGTTCAGAAAATGGTGGCAGCGGAGTAAGTAAAAA
AGAAGACCTCTTCAAGAAATTATGCTATTATTGCGATCGCCCAAAATGCACTGTATTCTG
TTAAGGTCATTGTAAGAGATCATTCCATAGTGAATGTAAAGAGAGAGTAGAAGCAGGATG
GATTAATGAAAATGGTATGACAAGCGAAACTAGAATCGTACCTACTGAGGATCATTACGA
TGAAGAACGTCTTAAAAAAATGTTAAATATTAACTATACATGCAAGGATTGTGAAGCAAA
TACAGCTATCTGCTTTATTTGCAAAAAAAAAGGAAGTTTCTTCCCTCCTGCCGTTTTAAA
TAAATAAAATAAGCGTATTTAATAATAAAAATAAAAAATTATTGCAGAGAAAGAAAAGCA
AAAGGACCCATCTAATGAAATAGTTGAGGAATCTGAGAATGAATTAGATGAAGATTATGA
CTTGGTTGAAGATGATTCAGTATCATAAAAAACAAGTGATTTGACAAAATGCTCAACTGC
TAATTGTAATAAATTTTACCATCCTGTTTGTATTAAGCCTTATGCCTTATTCAAGTACAT
TGATTCAAATAATAAACGTTTCCGTTGCCCATTACATTATTGTGCTCATTGCTTTATTTC
TGGAGATTCTATGGCTATTTCTTAATGTGTTAGATGTCCTAAAGCCTATCATCTTCGCTG
CTTTGAAAAAGCTAAGGTCCTGAAACTTACAAAAAAACTTATGCTTTGTGAAGATCACCC
TCATTAATATTATAAAAACATACATTCTAGCAGCGGATCTAATTCAAATAATAAAAATAG
CTCATCATAATCAAATAACAACAACAATAATAATAATAGCAGATAGTAGAGTTCATAAAA
TGTATCTGCTAGTAACACTAATACTAGATCCAAATCTGGTGCAACAAATAGCAACGATAA
CATTGTTGATGATACTTAACAAAAGAAATAAAAATTAAATAATGGTACAGGATAAGTAAG
CACAAATAATAAAACTTCTTCAAATAATTCATCCTAATAAAATGGTGTTAATTAAGCAAA
GGAAGCTCTGGAAAAAGCCACTTAACCAGCAGCAAATTCTAATCAATCTTAAGCAAATAC
TTCTGGAAGAGAAGGTAGAATGACTCGTTCTCAAGAAAAAAATATTCAAAATTAACAATC
CACAATTAGTTAATTCTTTGGAAAAAAAGACAATAAACTTAAAGAAAAGTAAGACTAAAA
AAATGTAAAATTAGAAGATTAAATAAATTAAGAAGGAGATGACTTAAATAACAGTCAAAA
TAATGGAAACTTAGAAAACGGAGAATAAGAATAGACTGTTGCTCCTAAACCTAAAGCTAA
AAAGCCTGCTCCTCCCCCTCCACCACCACCAAAAGAGCGTGAACCTCCTTAATTTTCATA
TGAAGACTTTAAGATCCCATCACAAAAAGACTTTGACTACCAGAAATATCAAAGGGTAAT
TGAAAATTAATGATTTGATAAAAATAACCGAGAAAAAAATTTTATTTTATTTACAAAAAA
CTAAAATATAAAAATTATAATGTTAAGAAAAAAGATTTAGAAAAAAATTAAAATAATTTT
TAACCCACCTTACTTTTAAAATAATAAAAGCTAAGATAAAAATTATCAATTTATTTTAAA
AATTTAATTAATTAATTTTTTTAAATTAGGATTGGTGCAGATATTGTGGTGCAAGATTCT
CAAGCAATTTCACAAAAGGACCATGGGGACCTAGAACACTCTGCACAGTTCATTATATAG
CATGGAATCAAAAGAAGAAGTTGGATTTAAGGGCTTATAAAGAACTACCTACTAAACCTA
TAAATCCTGATGACTAAACTGAGCTACATTTTATGAGTAGACTAAAATAAAAGGATGAGT
CTTACAATCCAGAGATTCTTTTGAAGGAGATGATGAATATTAATCTTAATGGCCTCTCAT
CTTTGAATAGCTAAGAATTGAAAGATGTAAATTAGGATAGTAACTCTGGTAAAGCTTCAA
GTTCAGAAAAATAGGAATCAAAAAAAGAAACACCTGCCTCTAACACAAATAAAAATGAAA
CAAAGACAGAGGAAGAAGATGGCTAAAAAATAAACAAGGTTTGA


>TTHERM_00193800(protein)
MEIYQFYQLNNQIICLLLFFMIKIINQLYGQCYKNSQQLAYAFSLIKSQIFYQVLAEFSI
IIYNQILKQLQRNNWNKIKEEKNKRKNIYKEIKKKIKKQRKNNQMSGSEDSIENQSSFDD
DSYSDGRLPRSSKRKGRKPKSQAIKEEDGADGELNEERDVRKRQTRQKVTNGIKSLLEQE
RDVDQQILEAEQEEAAAAAQAMENDENAGSEPGGIFYPEIDQILWKRFKKGSESEYEYLV
KYKEYSYLHCEWLEEKDVIGDSKSGKNKLNRFNKNFEKKLHDGDFDEDAEENERYFDPTY
IEVDRILQCVELFPIIHPKKANEIKGKWSELLVVIIQKLLNFTKDDVHYGIYFMEPVNPE
RDNCQNYKKIITNPMDLGTISNRLYLDYYKSFQHFFQDFGLIFKNCRKYNKDPESDIRIL
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YLVKWKNLSYLESTWEHESIIANQTKINDYRMYNRALDKESRQVLSQQLERHKTLLDLEQ
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