Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00726300

Standard Name

UPF1 (UP-Frameshift 1)

Aliases

PreTt21895 | 117.m00147

Description

phage head-tail adaptor family protein putative; An RNA helicase essential for nonsense-mediated mRNA decay (NMD)

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Gene Ontology Annotations

Molecular Function

• 3'-5' DNA helicase activity (IEA) | GO:0043138
• carnitine O-acyltransferase activity (IEA) | GO:0016406
• glutathionylspermidine synthase activity (IEA) | GO:0008885
• peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase activity (IEA) | GO:0000224

Biological Process

• lipoate metabolic process (IEA) | GO:0009106
• negative regulation of protein kinase activity (IEA) | GO:0006469
• Notch signaling pathway (IEA) | GO:0007219

Domains

• ( PF00004 ) ATPase, AAA family
• ( PF00270 ) DEAD/DEAH box helicase
• ( PF04851 ) type III restriction enzyme, res
• ( TIGR00376 ) DNA helicase, putative
• ( TIGR01447 ) exodeoxyribonuclease V, alpha subunit
• ( TIGR01563 ) phage head-tail adaptor, putative

Gene Expression Profile

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for Tetrahymena Stock Center

Homologs

Source	Identifier	Score
Stentor Coeruleus	SteCoe_17483	0
	Description: None
WormBase	WBGene00004880	9.997093137033517e-262
	Description: locus:smg-2 Regulator of nonsense transcripts 1 status:Confirmed UniProt:O76512 protein_id:CCD73461.1
Tetrahymena borealis	EI9_04617.1	9.997093137033517e-262
	Description: phage head-tail adaptor, family protein (1081 aa)
DictyBase	DDB_G0288923	9.997093137033517e-262
	Description: upf1 on chromosome: 5 position 2130048 to 2134208
Oxytricha	Contig17825.0.g106	9.997093137033517e-262
	Description: RNA helicase (UPF2 interacting domain)
SGD	YMR080C	9.997093137033517e-262
	Description: NAM7 ATP-dependent RNA helicase of the SFI superfamily involved in nonsense mediated mRNA decay; required for efficient translation termination at nonsense codons and targeting of NMD substrates to P-bodies; involved in telomere maintenance

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

1. Ref:22184018: Lu XY, Xiong J, Yuan DX, Miao W (2011) [Alternative splicing of an ATP-binding cassette transporter ABCC10 in Tetrahymena thermophila]. Dong wu xue yan jiu = Zoological research 32(6):605-10

Sequences

>TTHERM_00726300(coding)
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>TTHERM_00726300(gene)
ATGAGTTAGAATAAGTAAAAGAGAAAAGTTGATTCAAGTAGTGAAGGTGAAGAGAGTGAA
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GTGGTGATGAAATTTACACAGAAAAGCAAAACGATTACAACAATCCAATAATCTAGAAGT
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>TTHERM_00726300(protein)
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