Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00123780

Standard Name

Aliases

PreTt27292 | 8.m00552 | 3812.m02580

Description

polycystin cation channel protein

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Gene Ontology Annotations

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Domains

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Gene Expression Profile

Vegetative Cell Cycle (Zhang et al., 2023)

GeneMania

Tetrahymena Stock Center

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Homologs

Source Identifier Score
Tetrahymena borealis EI9_20502.1 9.997093137033517e-262
Description: hypothetical protein (1199 aa)
Oxytricha Contig3081.0.g76 3.0002687256732656e-20
Description: Ion transport protein
SGD YOR087W 0.000004000864880866421
Description: YVC1 Vacuolar cation channel, mediates release of Ca(2+) from the vacuole in response to hyperosmotic shock

General Information

No. Gene Name(s) Paragraph Text
124 (no standard gene name) This protein is a homolog of proteins in the polycystic cation channel transmembrane protein family. It contains one domain; the domain (E-value = 1.2 -10) is known as CL0030, which contains the cation channel region of PKD1 and PKD2 proteins. PKD1 and PKD2 functions through a common signaling pathway that is necessary for normal tubulogenesis. Tubulogenesis is the formation of tubules in epithelial or endothelial cells that transport liquid and gas throughout the body. In humans, the mutations in PKD1 and PKD 2 form thousands of cysts which inhibits the protein from efficiently carrying liquid and gas throughout the body. It is possible that in Tetrahymena this protein is an integral membrane protein. Paragraph by: Deborah Yi-an Lin, Keck Science Department, Scripps College

Associated Literature

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Sequences 

>TTHERM_00123780(coding)
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>TTHERM_00123780(gene)
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TTGACTACTCACTTTTAAGCACATTTACTCCTTTATGTCATTTTTAAAAGTAAGCCAGAA
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TTTTTAATAGATGCCATTTAAAAGCAAATTTATGTATATCTTATAAGACGAAAAACTGAT
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ACAAAGCAAATATTTATTCCTGAAGGTATATCTGCTAATTATACTTTTGAATACTTCAAC
AATTGTTAATTTGCTTTGAAAATTGAATGCTGTGCTATAGTGTTTATTTTATGGCTTAGA
ATGTTTATATTTTTAATTAGAACTTAAAAATTTGGATTACTAGTCAAAGTAATAATACTA
TTTACTAAAGACCTTTTATATTTTATGGTCATTCTTATTACTGTCACAGTCGCTTTTGGG
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TTAACAAAGGTTTAAACTTTTTAAAAAGAATATTAGTATTAATATTAAGATATTTCATAA
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CTCAACAAATGCATTTTTAGTTCCTAAAAATGTTTAAATTAGATATAATTATTTATTTAT
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TTTATTAATAAAAAAGCTTTTGGTGCATTCGATTTTAACAATTAAACTGGAATTTAGTCA
GCGATTCTAATTGTTTTTTTAGTTGTAGTGAATGTTATCCTTCTTAATTTACTAATTGCT
ATATTAAACACGAGATATGAGAAGACAATGCAACAATCAGAGATGGAATACTCTTTAGTA
GTATATAATGACTATATTAATTCAAGATTTAACCCTATATACATGTCTATGATTTCACTA
CCTCCACCTTTTAATATCCTTAATTTTATATTTGGAATAATTTCTTTTATAACTAAGTCT
AGAATATGGAATAAAATAGCTTTAAAAATTGGATACACATTAGTTATATTTCTTCCTTGT
ATTTTACTCTACATAGCTCTTTCTTTGGTTCTCATTCCTTTTTCTTATTTATATTTTATC
CATTAAGTATCAATGTATTCTTTTTCTGATAATATGATGTATGCCAGAAAGAAAAATAAA
TGCTTCAAGATTACACTTTATTTATTTCGATTACTGACTTGGATTACATTAGGTATTCCT
TATTTACTTGTAGTGTTTTTTTCAAATGATCTGCCTTTGTTTTGTAAATCGGCCTTTGCT
CATAACAATAATAAGTACAATTTCACTAAAAATCCTGTCCTTGACTTAAGAGTAATAAAG
TATGTGTCTCTTTACTCTAATTATTTAAATTTAGCAAAAAAAGATGTATTTAACTATTTA
GAATTTAGGTCTTCGCTTGAGCAAAAAAAGGAAGTAAAATATAAAAAATCTTACTTTCAA
AGATTTGCACAACCTTCTATCAAATCTAATAGCTAGCCTCTATAATAAATTAGGAAAGGA
TTTTAAAATAATGTAAAGCATAATTTTAAATCAGAAACCATATTTGAAAAAAATTTTAAT
GATGCAGTTAAAAAATTTGGAGATTCTAAAGTAAAATAAGAAGTAGAAAATATCCAGCTT
AATAATCTTTTAAAAGCAATAAAATATTCAGCAATCTTCTTTAAAAAATCAAAGAGTACT
TCGTTTAACTTGTCTAAACTTCTTTACATTGTAAAGAAAAAAGAAATAAATTTAAATCTT
CTGTAATTAAATACTGATAATTTTTTCTTAAATAGATCATTTAGCTCATAACCTAACATA
AATGTTAATAACTTAAATTGA


>TTHERM_00123780(protein)
MLKYLHQNLILKNYNNEIELILNMNENNLELLSSKYVLYIAKYERIPPNYILNRTLIKQV
VYQQNVPLMSAMLKLDRVITQQTLHSKKVQAQINVFLSQADTFCMGLYFLKKMSQKKQII
SQSSEYLETILRLLEKPKSDEKFAFEIFSHVLHPLILCLVASKILLKLSFFKNPFSSEML
KLAKYYLERALLFRDTIFDAREMSLILFKPLFPSDKPLVKALRNRNYCQFFTEFFIHPCI
TYLLEQKWMSTYGFDYSLLSTFTPLCHFQKQARIKNTIAKGSKSSSSSTSSFQKSMKSTG
SSASFSLEPQKQNWIIFRDIEVSQLKKATKNNHFYQFVIYNKSVQVRTFFEFILFLAIFC
FTLYELFLFIENLNSYASVDDPVKIMLFSSTVPQDWQSKVNDFKKQNPTPPPLDIQIDNT
TNLNIQTTDPQIFCKLILYQISSGYQEFMDFFQSQCVKLIYVGTQFEKLCNDTIRVLWFI
FCIGANAIQKQIYVYLIRRKTDPQILDLYDLLLYIACGSFLLTKQIFIPEGISANYTFEY
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KKNKCFKITLYLFRLLTWITLGIPYLLVVFFSNDLPLFCKSAFAHNNNKYNFTKNPVLDL
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