Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_01216140

Standard Name

DCR1 (DiCeR 1 )

Aliases

PreTt28880 | 277.m00034 | 3823.m01226

Description

DCR1 type III restriction enzyme res subunit; Dicer-related RNase III protein; one of three Dicer-like proteins described in T. thermophila

Genome Browser (Macronucleus)



Genome Browser (Micronucleus)

External Links

Gene Ontology Annotations

Molecular Function

Domains

No Data fetched for Domains

Gene Expression Profile

Vegetative Cell Cycle (Zhang et al., 2023)

GeneMania

Tetrahymena Stock Center

  • ( SD01928 ) Micronucleus: homozygous KO of DCR1 with neo3 Macronucleus: Loss of part of DCR1 locus and of the neo3 used to KO.
  • ( SD01929 ) Micronucleus: homozygous KO of DCR1 with neo3 Macronucleus: Loss of part of DCR1 locus and of the neo3 used to KO.
  • ( SD02158 ) Micronucleus: heterozygous KO of DCR2 with neo3
  • ( SD02177 ) Micronucleus: homozygous KO of DCR2 with neo3
  • ( SD02178 ) Micronucleus: homozygous KO of DCR2 with neo3
  • ( SD02179 ) Micronucleus: heterozygous KO of DCR2 with neo3
  • ( SD02833 ) Micronucleus: Nee3 cassette into DCR1 locus
  • ( SD02834 ) Micronucleus: Nee3 cassette into DCR1 locus

Homologs

Source Identifier Score
Tetrahymena borealis EI9_10671.1 2.9990837046884738e-127
Description: hypothetical protein (698 aa)
WormBase WBGene00000939 0.0000000000006997872742366828
Description: locus:dcr-1 Endoribonuclease dcr-1 status:Partially_confirmed UniProt:P34529 protein_id:CCD71200.2
SGD YIR002C 0.00020003864201578029
Description: MPH1 Member of the DEAH family of helicases, functions in an error-free DNA damage bypass pathway that involves homologous recombination, binds to flap DNA and stimulates activity of Rad27p and Dna2p; mutations confer a mutator phenotype

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

  1. Ref:16357212: Lee SR, Collins K (2006) Two classes of endogenous small RNAs in Tetrahymena thermophila. Genes & development 20(1):28-33
  2. Ref:16199890: Malone CD, Anderson AM, Motl JA, Rexer CH, Chalker DL (2005) Germ line transcripts are processed by a Dicer-like protein that is essential for developmentally programmed genome rearrangements of Tetrahymena thermophila. Molecular and cellular biology 25(20):9151-64
  3. Ref:15598983: Mochizuki K, Gorovsky MA (2005) A Dicer-like protein in Tetrahymena has distinct functions in genome rearrangement, chromosome segregation, and meiotic prophase. Genes & development 19(1):77-89

Sequences

>TTHERM_01216140(coding)
ATGGATTTCAGTCAGTTTAAAGACGAAAGTAGCTCTGAATCCAATTTTGAAGAATAAGAT
AGAGTAGAAAGCTTCTTGAAAAAGAATGAAACAATTTTAGATTATAGCAGCATTGATTAA
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AGCAAATTTTATGCCTTAGTTGCTGTTTACAATAATAATAAGATAAAATTATAAAACCAT
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CCTTTTCAACTCTAAGCAAATATTTTTATGAATCTCCAGAAGCTAAAATTTAAAAAAGAA
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GATGATTACTATGTTGAATACTCTGATAGATATTTTGCTATTATATAAAAGAACATGCAG
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TATGACAAGCAGTGTTTAGAAGGCTTTATCCATTAAGATATTAAATTTATCTTCCATAAC
TAAATTAATTTAAGCAATGAAGAATTAAACGAAATTAGAAAAATTAACCAATAAGCTCAT
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CTTATTGATAAGGTTTTTGAATGCCAAAGAATCGAAGAGGCATATTTGGCTATCAAAGAA
TAAATCATTAACAACCCAATAAATTAATAGTCTTTATGA


>TTHERM_01216140(gene)
ATGGATTTCAGTCAGTTTAAAGACGAAAGTAGCTCTGAATCCAATTTTGAAGAATAAGAT
AGAGTAGAAAGCTTCTTGAAAAAGAATGAAACAATTTTAGATTATAGCAGCATTGATTAA
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TTATCTTAACCATCAAATAAATAATCAATTGAAAACTAATAATTTCCAATAACTCAATAA
AATATTTCTTAGAATTAATTATATTAAAATTAAGAGTAAAAAATGATAATAAAAGATGAT
GTTGCTAGCAATACTTAAGAAAATAGAATGTTACCTTAATTAGAAAATCAAAAAATTACA
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TTGATATTTTGTAATAGCAAAGTTGTTGTCAAATATGTCACGAAGTTCATTTAAAGTGTA
TTCTAAAATAGTAATTCAGACTAAAAATGTTGCGAATATATAATGGGATAAAGTAAATAA
ATATTTATTTTCTTTGTATGTATATTTGATATATTACTTATTTTATCATAAACAGCAAGC
CAAAATAAAAAAGATGAAGAAGATGATAATAATTTAAAAATAATAAATAGCATAAATCCG
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GAAAAATAATTTAGTATCAAATTTTATGCGCTAAAATAAAAATACTCTGAACAATAAAAG
ATTGTTGAGAGATTCAGAAACAAATAATTCAAAATTTTAGTAAGCACTAGTGTTGTTGAA
GAAGGTTTCGATATTCCTTCATGTAATATCGTCATAGCTTTTAGCAAAATAATTAGTCAA
AGATAATATATACAAATGAAAGGTAGAGCTAGAGCAGAAAATAGCAAATTTTATGCCTTA
GTTGCTGTTTACAATAATGTAATATTTACTTTTAATATTCATTCTTACTTACTTACTTAC
TTACTTACTTACTTACTTACTTACTTACTTACTTACTTACTTACTTACTTACTTAATTAT
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AAATAAAATAAGAATACTATAGCTTATCCTTATTGACCTAAAAGTAATTTAGTTAAGAAA
AAGAAAAGCGTAATTAATTTTTATTGAAAAATTATTATTTAATTAAAAATATTAAATTTT
GTTATAAATTTAGATTAAGTTAACGATGAGGATGATACGTCGATGGAAAATTATGAAAAT
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TAATTTATTGTTAAGTTTTATTATCAAACGATTTTTATTTTATTAAAAAAGAATATATCT
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AAGTATTTGTAGGATATTTAAATGGAAAAAAGAGATAAATTGTTGTCTACAAAAAACTTT
ATCGTTAAATTGTAGATGAAGTTTTTGTTTAAAAAGAATAAATCTAATAAAGAGAATTTC
ATCCCTTTTATCTCTATGATATATAATACAAGGGTGAATTACTTTAAGTTAAACTTATTT
ATGACAAGCAGTGTTTAGAAGGCTTTATCCATTAAGATATTAAATTTATCTTCCATAACT
AAATTGTAAAATTAATTAAAATTAATTGAATATTTTTACTAAATATTTTTTTAAAAGAAT
TTAAGCAATGAAGAATTAAACGAAATTAGAAAAATTAACCAATAAGCTCATTTAAAGTTA
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ATATCCAATGAGTGATTCTGATTTTTTATATAAATAAATAAATTTAGATGAATTAGATAT
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CTTACAATAAGATTTTGAAAAAACATCAGATTTCTTTAATTAAAATTAACACATATAATT
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GTAGTTCTTACCAATTAATTAGAATAAATATAACTTCTAGATTTATGATATTAAAAATGA
AAAATTACTTATTGATAAGGTTTTTGAATGCCAAAGAATCGAAGAGGCATATTTGGCTAT
CAAAGAATAAATCATTAACAACCCAATAAATTAATAGTCTTTATGA


>TTHERM_01216140(protein)
MDFSQFKDESSSESNFEEQDRVESFLKKNETILDYSSIDQIQQSFNSSDLAILQSIHNKI
GNQNSLLLKNIEIAQNPEGFNKNLNPGQKDVETKQIQKGEAIEDKQESLVSSQNQNKKVL
KNSQNSDLLNDQLEAPSLSNQKNQQDFLQEKSKLTSLNGQNIIQNQQYQNLEQKNQVKDN
IEEESLILSQPSNKQPIENNKSFNQQETLNTELQNQQNIISQQQFPITQQNIIQNQQNQN
LEQKNQVKSNIEEESLILSQPSNKQSIENNKNFKQQETLNTELQNQQNIISQQQFPITQQ
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