Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00538940

Standard Name

RPB1 (RNA polymerase II largest subunit)

Aliases

PreTt12151 | 70.m00147 | 3728.m00046

Description

RPB1 DNA-directed RNA polymerase; Largest subunit of RNA polymerase II

Genome Browser (Macronucleus)



Genome Browser (Micronucleus)

Gene Ontology Annotations

Biological Process

Domains

  • ( PF00623 ) RNA polymerase Rpb1, domain 2
  • ( PF02948 ) amelogenin
  • ( PF03478 ) Protein of unknown function (DUF295)
  • ( PF04983 ) RNA polymerase Rpb1, domain 3
  • ( PF04992 ) RNA polymerase Rpb1, domain 6
  • ( PF04997 ) RNA polymerase Rpb1, domain 1
  • ( PF04998 ) RNA polymerase Rpb1, domain 5
  • ( PF05000 ) RNA polymerase Rpb1, domain 4
  • ( PF08265 ) YL1 nuclear protein C-terminal domain
  • ( TIGR00071 ) tRNA pseudouridine synthase A
  • ( TIGR01612 ) rhoptry protein
  • ( TIGR02386 ) DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit
  • ( TIGR02389 ) DNA-directed RNA polymerase, subunit A''
  • ( TIGR02390 ) DNA-directed RNA polymerase subunit A'

Gene Expression Profile

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for Tetrahymena Stock Center

Homologs

Source Identifier Score
Stentor Coeruleus SteCoe_5081 0
Description: None
WormBase WBGene00000123 9.997093137033517e-262
Description: locus:ama-1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 status:Partially_confirmed UniProt:P16356 protein_id:CCD69532.1
Tetrahymena borealis EI9_18204.1 9.997093137033517e-262
Description: RNA polymerase Rpb1, domain 2 family protein (1758 aa)
DictyBase DDB_G0279193 9.997093137033517e-262
Description: rpb1 on chromosome: 3 position 1783778 to 1789076
Oxytricha Contig18775.0.g49 9.997093137033517e-262
Description: RNA polymerase Rpb1, domain 5
SGD YDL140C 9.997093137033517e-262
Description: RPO21 RNA polymerase II largest subunit B220, part of central core; phosphorylation of C-terminal heptapeptide repeat domain regulates association with transcription and splicing factors; similar to bacterial beta-prime

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

No Data fetched for Associated Literature

Sequences

>TTHERM_00538940(coding)
ATGAAATAGTCTGGACAAAAGTATGCTTACTCCTAGATGGAGACAGCCAAAGTTAATGGC
GTCCATTTCTCTATTCTCTCTGAAAAGGAAATAGAAAGCTGGTGCGTTTGTGAAATTAAA
AATTTTGAAAATGGTAATAAAGAAGATGAAGGCTTTATAAACGATAAAAGATTAGGTACT
ACCTCTAAGGATGCATGCAAAACTTGTAATTAAAAGAATGAATGTCCTGGTCATTTTGGT
TACATCAATCTTAGAAGGCCTATATATCATATCAATTTCATAAACACAGTCAAGCAAATT
CTTCTCTGCGTCTGTCACAAATGTGGTGCTGTAAGAGAGCCCCCTATTAAGAGAAATGAG
AGTGGTAAACCTGCAAGTAAAACAGAATTTGCTAAACTTGAAAAGTATTTAGAAGTTATG
AATATTTCTTAGCCTAAGAGAAGACTTAATGAATTGTATAAAATCCTTGGAAAATAATCC
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TTAAATCTTAAAGTAGCTGAAAAGTAAAGTGATAAGGATGCTATTGAGTATGATCTGAGT
GCAGAATAAGCATTAGAAATTTTAAAGAAGATTAGATATGCTGACTCCAAAAAGTTATTA
GCTTACAAAGGATAAAGAAAACATGATGACGATTTCTTGTAGCCAACTAATCTTATCTTA
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AAAGATAATTCTGATAACAGAAAGCTGGTTGAGTAAATCTAGAGTGTTGTTGCCAGAATG
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TTTTCTTAGAGATTAAAAGGAAAAGAAGGTAGATTTAGATAAAATTTAATGGGTAAAAGA
GTAGATTTTTCTGCAAGATCTGTTATTTCCCCAGATGCAAATTTATGGTTGGATGAATTA
GGTGTTCCTAGAAGTATTGCTGACAGTTTGACTGTTCCTGAAATAGTTAACTAACAAAAT
ATAAACAGAATTCGTGAATTATGGAAGTAAGGCAAAATTAAAAGTATTATGAAACCTAAT
CGTGAAAAATAGATTTATGAAGCTTACGATGCTATTATTTGCAGTGGTGATAGATAAGCT
GATGATAATTTTGACATGCACGTTAATGATGGTGTTATTATTGAAAGAGCCTTATAGAAT
GGTGATTATGTGCTATTTAACCGTTAGCCCTCTCTCCATAAAATGAGTATGATGGGACAT
AGAGTTAGAATTCTTCCTTACAGTACTTTCCGTCTTAACTTATCAGTCACAACCCCTTAT
AATGCAGATTTTGACGGTGATGAAATGAATATGCATGTGCCATAATCTTATGAAACTCGT
GTTGAACTTGGTTATATTTGCCATGTTCCTAGATAAATTGTCACTCCCAAGGCTAACAAA
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TCTTTAGTCATTCCTGAATAAATGACTATGACCAGATTCAAAGGTGACAAGGAAGATGAC
AAGTGGTTCCATAAATAGGATGAATCTATTTACATCTACAAAGGTGAACTAATTTAAGGC
TATATGAATAAGGCTATTGTTGGTGATGGTCCTGGTGGTTTAGTCCATTTGATTTGGTTA
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TGGCTTATTATGTTTGGTCACACAATCAGTTGTGCTGATATCGTGCCTAGTGAAAAATGT
TCAGAAGAAATTGAAAAAATTAGAAAGAAAGCCTTTGAAAAATATGATAAAATTGAATTA
GATTTCTAAGATGCAGCTTATATTGATTAAAATAATATGCACAAGGCTGGTAAGAAGATT
TTTGATTCTTTCGAAGTTCAAGTTAACTCCATCTTGAATGAACTCAGACAAGAATCCGAA
AAGAAAGCAGAAGAAACAATTAAATTCAAGTACAACTAATTCAACAAGATGGTGTGGTCA
GGTTCAAAAGGTAAAGCTACTAACTTAGCCTAAGTCATGGGTCTTGTAGGTTAACAAAAT
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GATGATAATGGTATTATTGCAAGAGGTTTCGTCGTTAACAATTTCTACATAGGTTTAAAG
CCCTACGAATTCTTCTTCCACACAATGGGTGGTAGAGAAGGTCTTTCTGATACTGCAGTC
AAGACAAGTAGAACTGGTTATATTTAAAGAAAGCTTGTCAAGGCTCTTGAAGATGTCATC
GTACGTTATGATGGTACAGTTAGAGATAGTTAGGGTATGATTATTTAAACATGCTATGGT
GAAGATTCATTGGCAGGTGAATTCATCGAAACCTAAAAGATCGGAGAAGTTGATTATAAG
GAAGAAGATTTCCAAAAGGAATACAGATTTGTCAAAGCAAATAAAAGCGACGACTGGTTA
TTCCAATATACAAAATTGGACTAGATGGAAAATCAAATTAGCAAAGAAATCAGTAGAGAT
GTTTTAATTGCAATCAAGGAAGAATTTATGCGTATGATTAACGAAAGAAACGAAGGAGAA
GATCCTAAATTTATCTTAGAATAAGAGTACGAAGAACTCATCGAAGCTAGAAACCTGTTT
AGAAAGAATTTCTACTTCTACGCATAAGAAGGCAAACTTGATATTAACTTGCCAGTCAAC
ATTGGTAGAATGATTGAATCTGCTAAAATTGAAATGTCTTAAAAGAATAAAACTTATACT
AGAGATTAATGTAAGACTAATCCTATTTAAGTTTATAAGAGTCTCTTAGAATTATTTAAG
AATCTTGATGACTATGCAGTTAAAAGAGGTATGGAGTATGAATCTTTGGCTTTGTTCAAG
GCTCATATCCGTCTCCATCTTGGTTCCAAAAAGATAGTATTAAGGCATAAGCTTTCAATG
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CGTCTTTAGGAAATATTAGATGCTTCTAAAAATGTAAAGACACCAGAAATGACTGTCTTC
TTTGAAAATGGTTTAAGAAAAAAAATTTTCAGGAAAGATATGATGAGCAACTATGATGCA
GAAAGCTTTAAGAGAGAATATGACGAAATTGTTTCGTAGGAAAGATAGGAAATTTTAAGA
CTTAAACAAGAGATTGAATACTAAACTATTTCTTACTACATTAATCAAACCAGAATTGTT
TATAAATCTAAAGATGATGAAGACTTTTAATAACAAGATAACATTTTCGATGATGATAAT
ATTTCTGATGATCTCGAAGATCCTATTGTCCTCATTATTTATTTTGATACTTAAAAGACA
ACAATTGATACTTTTGAACTCTTGAATGCAAAAATTAGAAAAATTGCTGATGACTCTAAA
AAGTGGGGTAACCTCATAGTTGAAAAGAAATAATTTGAAAAAGGACAAATTCATGTTAAA
TTTGACTCTACCCAATTAGGTTAAGGATAATAAAATCCAGATTCTTAAATGAACGCTTAT
TCTTCTCTCCTTCTCTTTGAATCCGAATTCAAGGATGCATACATAGGAGGTATTTAGAAA
ATCCAAAAAGTTTATCCTACCCAAAAGAAGGAATTCAGACCTTGGGTTGAAAATGAATGT
ATATGTGAAGCCCCCAAACCAGGTGCAGCTTTCTTCACAGAGAGAAAACCTTAAGAACAT
ATTTTCAATACTTCTGGTTCAAATCTCAAAGAAGTATTGAAGGTTGATAAAGTAGATGCT
ACTAGAACTTATTCTAACGATATCTAAGAAATCATTACCATTCTTGGTATCGAAGCAGGT
AGAAGATCTATTGTTAATTAAATTAGAGTCGTCATTGAACCTTATGGTATTTACATCAAC
TATCGTCATTTAGCTATTTTGGCTGAGTGGATGACTGTAAGAGGTCGTTTGACTCCTATT
AATAGAAACGGTATCAATCGTATTCCTGGTTTATCTTGCCTCAGAAAATCTTCCTTTGAA
GAGACAGTAGATATTCTCAACACAGCTGCCATTTTCTTTGAAAAGGATGATTTGAAAGGT
GTTACTGAAAATATTATCTTTGGTCAAAATTGTGATATTGGTACTGGTTGCTTCGACTTA
TTAGTCGACTTGAATAAGGTTGGTGAATTTAAAACAAAGAGATAGGTTGAATAGACATTA
GAGATGGAAGATTATTCAGAAAACGAATCCTCTCGTTACGAAAATACTCCTTCTCATTTC
CAAACTCCTGGTCCCGGTCTCGTTTCTGCTTATCCTAATTCTATTAGAACAGTATAACAT
GCTGGATCTTTCACTCCAACCACTCCCTACCTAAACTCTCCTGGATACAATATGTCAACT
CCTATCTCTTACTCTAACACCTATAACCAAACCAGAAGTTCTTAATATAGTCCTCAGACA
GGCAATAATTCTCCATTTGTTCCTTCTCCAAACTACTCACCTCCAAGCCACACTCCAGCT
GGTTCAACAAGCCCTGCAAACGCTAGTCCTTATGCAAGCTCACCTTAATATAAAAGCAGT
AGTCTTAGTGGAGCTCACTCTCCCTCTTACACTTCACCTTCACAAGTGAGATATAATTCC
CCAAGTTATCAAAATCCTCATGCTAGTTCATCTAGTCCACTTGATAGATCTAAGTCAGCT
TATATGGGATCCTAACAATCACCTTAATACATGAGTTCTCCTCACTATGAATAGAGAACA
ACTCCTATGACTAGAAATATTAAAAGCGAAACTTCTTACAATCCAACTGAAGAAAGGGAA
AGTGAAGAAAGTGATTCTGATCAAGATTGA


>TTHERM_00538940(gene)
ATGAAATAGTCTGGACAAAAGTATGCTTACTCCTAGATGGAGACAGCCAAAGTTAATGGC
GTCCATTTCTCTATTCTCTCTGAAAAGGAAATAGTACATATACATTCTATAAAATTATTT
TTTTATGCAAGATTAGAATTTATTATTTAAATGGACTTCAAATATTAAGATTTACATTAG
AGGGAATATTAATTTTTAAAATTTAATGCATATTTCAAATCTTAGAATATACTTTTTAAA
AATGGATATAAATTTTTTATAGCTATTGTTTTACTATTTGATTGTAATAAGCATAAAATG
AATGTTTCAAGATTTAGCATAATTAAATAATAAGTCTATTTAAATAAATTGGAGTTTGCT
TATTCTTAGCGGTTCAAAGAGCAATCATTAAATTATTTCATAAAATAAAATAGGAAAGCT
GGTGCGTTTGTGAAATTAAAAATTTTGAAAATGGTAATAAAGAAGATGAAGGCTTTATAA
ACGATAAAAGATTAGGTACTACCTCTAAGGATGCATGCAAAACTTGTAATTAAAAGAATG
AATGTCCTGGTCATTTTGGTTACATCAATCTTAGAAGGCCTATATATCATATCAATTTCA
TAAACACAGTCAAGCAAATTCTTCTCTGCGTCTGTCACAAATGTGGTGCTGTAAGAGAGC
CCCCTATTAAGGTGAATTATTATAGCAATACATTATTTTTTTCTTACAATTCGGCTGTAT
TTCTCCCTAAAATGAAATCAATTTTGCTAAAATTACCTTTGATTGTATAATTTATGAATT
CAATTCTACCGCCTTTAAAAAAAACTTAACTCATAACATCGAAATTACAAATTGCATGAA
AAAAGGAAGCATTTATAAAATAAATTAGACACAACTCAATTTTAATTTAATTGTGTTTGT
TTTTTAGAGAGAAAACAGCTTCAACATAAAGAGAAAAATAAATCATTTAATTTCTATTTA
TAAAGAATATTCAATATTAAACAATAGAGAAATGAGAGTGGTAAACCTGCAAGTAAAACA
GAATTTGCTAAACTTGAAAAGTATTTAGAAGTTATGAATATTTCTTAGCCTAAGAGAAGA
CTTAATGAATTGTATAAAATCCTTGGAAAATAATCCAAATGCCAAAACGATAAGTGCAAC
TCATATTTATTTGTTAAAGTCAGTGTAGTGAAGTTCTTAAATCTTAAAGTAGCTGAAAAG
TAAAGTGATAAGGATGCTATTGAGTATGATCTGAGTGCAGAATAAGCATTAGAAATTTTA
AAGAAGATTAGATATGCTGACTCCAAAAAGTTATTAGCTTACAAAGGTATTAAGATTTTT
AGTTAATACTTTGTAATCAAAAACCAAATGAGAGTTTTAAAATACAATCATATTTATTGA
TGATTATATTTGAATACTTCTTTTATATGTAAGTGAAATATTTTTTATATTAAAAGGATA
AAGAAAACATGATGACGATTTCTTGTAGCCAACTAATCTTATCTTAACAAAGTTGCTTGT
ACCTCCACCCTAAGTTCGCCCTTCTATTGAAATGTCATCTAATATGACCTGTCAAGATGA
ACTCACTAAATGCTATGAAGAAGTATTGAAGCTAAATGCATAAATTAAAGATAATTCTGA
TAACAGAAAGCTGGTAAATAAAACATTTTTTTAATAATTTATATTTGTTTTAAAAAATAA
AAAATCTCAGTATATAGTTTAGCAAAAATTTATTAAAATTTTAGATAGATAATATTAATT
AATATTTAAAAAGAGCAAGAATATCTTTAAAAATATAAAGCTTTATAAAATAAAATATTT
AAATGCTAAGCGAACATATTTTATGATGATATAAATTGTTTTTAGATTATGAAGTTAATT
TTGATTTTTTGTTTAAAAGGTTGAGTAAATCTAGAGTGTTGTTGCCAGAATGATGGATAA
CGATAAACCAAGATTAGAAGCACTTAAAATTAAATCAAAGGTTGTTAAAAGTTTTTCTTA
GAGATTAAAAGGAAAAGAAGGTAGATTTAGATAAAATTTAATGGGTAAAAGAGTAGATTT
TTCTGCAAGATCTGTTATTTCCCCAGATGCAAATTTATGGTTGGATGAATTAGGTGTTCC
TAGAAGTATTGCTGACAGTTTGACTGTTCCTGAAATAGTTAACTAACAAAATATAAACAG
AATTCGTGAATTATGGAAGTAAGGCAAAATTAAAAGTATTATGAAACCTAATCGTGAAAA
ATAGATTTATGAAGCTTACGATGCTATTATTTGCAGTGGTGATAGATAAGCTGATGATAA
TTTTGACATGCACGTTAATGATGGTAAATATTATTAATTTCATTCTTTTTAGATTATAGT
TATTGTTCATAAATAAAAATAGGTGTTATTATTGAAAGAGCCTTATAGAATGGTGATTAT
GTGCTATTTAACCGTTAGCCCTCTCTCCATAAAATGAGTATGATGGGACATAGAGTTAGA
ATTCTTCCTTACAGTACTTTCCGTCTTAACTTATCAGTCACAACCCCTTATAATGCAGAT
TTTGACGGTGATGAAATGAATATGCATGTGCCATAATCTTATGAAACTCGTAAATATGAT
TGAATTGAAAATATCTTTTTAAAAAGTTAATTTAAATATAAAGGTGTTGAACTTGGTTAT
ATTTGCCATGTTCCTAGATAAATTGTCACTCCCAAGGCTAACAAACCAGTTATGGGTTTG
GTGCAAGATTCATTATTAGGTGTAGCTATGTTTACTTTAAGAGATAAGTTTTTAACAAGA
GAATAAGTTATGAATTTAGTTATGTGGATTGACAATTGGGAAGGAGACCTACCCATGCCT
GCTATTCTTAAACCTGAACCTTTATGGACTGGTAAATAAATTATGTCTTTAGTCATTCCT
GAATAAATGACTATGACCAGATTCAAAGGTGACAAGGAAGATGACAAGTGGTTCCATAAA
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GGCTATATGAATAAGGCTATTGTTGGTGATGGTCCTGGTGGTTTAGTCCATTTGATTTGG
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AACTGGCTTATTATGTTTGGTCACACAATCAGTTGTGCTGATATCGTGCCTAGTGAAAAA
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TTAGATTTCTAAGATGCAGCTTATATTGATTAAAATAATATGCACAAGGCTGGTAAGAAG
ATTTTTGATTCTTTCGAAGTTCAAGTTAACTCCATCTTGAATGAACTCAGACAAGAATCC
GAAAAGAAAGCAGAAGAAACAATTAAATTCAAGTATATTTATTTATTTACTTTTAAAAAT
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AAGGAAGAATTTATGCGTATGATTAACGAAAGAAACGAAGGAGAAGATCCTAAATTTATC
TTAGAATAAGAGTACGAAGAACTCATCGAAGCTAGAAACCTGTTTAGAAAGAATTTCTAC
TTCTACGCATAAGAAGGCAAACTTGATATTAACTTGCCAGTCAACATTGGTAGAATGATT
GAATCTGCTAAAATTGAAATGTCTTAAAAGAATAAAACTTATACTAGAGATTAATGTAAG
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GCAGTTAAAAGAGGTATGGAGTATGAATCTTTGGCTTTGTTCAAGGCTCATATCCGTCTC
CATCTTGGTTCCAAAAAGATAGTATTAAGGCATAAGCTTTCAATGGAAGTATTTGATAAA
CTCACAAAGGAAATTTTTGATAAATTTAAAAAAGCCATTTCTCACCCAGGTAAATATATT
TTTAAAATTAATTGGCAAGAAAATTTTTATTTGTTAATTTCATTTTATGCTTTTTTATTC
TGTTTCTTATGAGTTGGTTTAATTTTATTAAAGGTGAAACCATTGGTGCTATTTCAGCTT
AATCTGTAGGTGAACCCACAACATAAATGACTTTGAATACTTTCCACTTTGCAGGTGTGT
CAGATCGTAACGTTACGCTTGGTGTCCCTCGTCTTTAGGAAATATTAGATGCTTCTAAAA
ATGTAAAGACACCAGAAATGACTGTCTTCTTTGAAAATGGTTTAAGAAAAAAAATTTTCA
GGAAAGATATGATGAGCAACTATGATGCAGAAAGCTTTAAGAGAGAATATGACGAAATTG
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CTTACTACATTAATCAAACCAGAATTGTTTATAAATCTAAAGATGATGAAGACTTTTAAT
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AATTTGAAAAAGGACAAATTCATGTTAAATTTGACTCTACCCAATTAGGTTAAGGATAAT
AAAATCCAGATTCTTAAATGAACGCTTATTCTTCTCTCCTTCTCTTTGAATCCGAATTCA
AGGATGCATACATAGGAGGTATTTAGAAAATCCAAAAAGTTTATCCTACGTAATATTTTA
TATTTTTTTTCTATCTCTTTTATTTAATTATGTTAAAAATAAATAAATAAACAAACAAAC
ACATAACTATCAATTAATTATTTATTTTATATTTAATAGCCAAAAGAAGGAATTCAGACC
TTGGGTTGAAAATGAATGTATATGTGAAGCCCCCAAACCAGGTGCAGCTTTCTTCACAGA
GAGAAAACCTTAAGAACATATTTTCAATACTTCTGGTTCAAATCTCAAAGAAGTATTGAA
GGTTGATAAAGTAGATGCTACTAGAACTTATTCTAACGATATCTAAGAAATCATTACCAT
TCTTGGTATCGAAGCAGGTAGAAGATCTATTGTTAATTAAATTAGAGTCGTCATTGAACC
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AGGTCGTTTGACTCCTATTAATAGAAACGGTATCAATCGTATTCCTGGTTTATCTTGCCT
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AAAGGATGATGTAATTAATTAATTAATCAAGAAATATTTTTAAATTATTATTTTCATATT
TTAAAGTTGAAAGGTGTTACTGAAAATATTATCTTTGGTCAAAATTGTGATATTGGTACT
GGTTGCTTCGACTTATTAGTCGACTTGAATAAGGTTGGTGAATTTAAAACAAAGAGATAG
GTTGAATAGACATTAGAGATGGAAGATTATTCAGAAAACGAATCCTCTCGTTACGAAAAT
ACTCCTTCTCATTTCCAAACTCCTGGTCCCGGTCTCGTTTCTGCTTATCCTAATTCTATT
AGAACAGTATAACATGCTGGATCTTTCACTCCAACCACTCCCTACCTAAACTCTCCTGGT
AAAATAATTTTGTTTTCAATCAACAGCATAATTTTTAATTTATAAATTAGGATACAATAT
GTCAACTCCTATCTCTTACTCTAACACCTATAACCAAACCAGAAGTTCTTAATATAGTCC
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AACTTTAAATCAGGAAAGAATTAATTTAATCTTGAAAAATAAATTTTAAAACCATAAAAA
TATAAATTAAAATTTTAATTTTTAATACTAATATCATAAAGACTACTCACCTCCAAGCCA
CACTCCAGCTGGTTCAACAAGCCCTGCAAACGCTAGTCCTTATGCAAGCTCACCTTAATA
TAAAAGCAGTAGTCTTAGTGGAGCTCACTCTCCCTCTTACACTTCACCTTCACAAGTGAG
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AAATTAGATATAATTCCCCAAGTTATCAAAATCCTCATGCTAGTTCATCTAGTCCACTTG
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ACTATGAATAGAGAACAACTCCTATGACTAGAAATATTAAAAGCGAAACTTCTTACAATC
CAACTGAAGAAAGGGAAAGTGAAGAAAGTGATTCTGATCAAGATTGA


>TTHERM_00538940(protein)
MKQSGQKYAYSQMETAKVNGVHFSILSEKEIESWCVCEIKNFENGNKEDEGFINDKRLGT
TSKDACKTCNQKNECPGHFGYINLRRPIYHINFINTVKQILLCVCHKCGAVREPPIKRNE
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SEESDSDQD