Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00077230

Standard Name

RPB2 (RNA Polymerase B )

Aliases

PreTt10069 | 5.m00420 | 3828.m01330

Description

RPB2 DNA-directed RNA polymerase II protein; RNA polymerase II subunit 2

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External Links

• Uniprot
• Alphafold

Gene Ontology Annotations

Cellular Component

• RNA polymerase II, core complex (ISS) | GO:0005665

Molecular Function

• DNA binding (IEA) | GO:0003677
• DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity (IEA) | GO:0003899

Biological Process

• transcription (IEA) | GO:0006350
• transcription by RNA polymerase II (ISS) | GO:0006366

Domains

• ( PF00562 ) RNA polymerase Rpb2, domain 6
• ( PF04560 ) RNA polymerase Rpb2, domain 7
• ( PF04561 ) RNA polymerase Rpb2, domain 2
• ( PF04563 ) RNA polymerase beta subunit
• ( PF04565 ) RNA polymerase Rpb2, domain 3
• ( PF04566 ) RNA polymerase Rpb2, domain 4
• ( PF04567 ) RNA polymerase Rpb2, domain 5
• ( TIGR02013 ) DNA-directed RNA polymerase, beta subunit

Gene Expression Profile

Vegetative Cell Cycle (Zhang et al., 2023)

GeneMania

No results were calculated for this gene in GeneMania.

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for Tetrahymena Stock Center

Homologs

Source	Identifier	Score
Stentor Coeruleus	SteCoe_22675	0
	Description: None
WormBase	WBGene00016140	9.997093137033517e-262
	Description: locus:rpb-2 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 status:Confirmed UniProt:Q10578 protein_id:CCD65728.1
Tetrahymena borealis	EI9_07105.1	9.997093137033517e-262
	Description: DNA-directed RNA polymerase, beta subunit protein (1236 aa)
DictyBase	DDB_G0288257	9.997093137033517e-262
	Description: rpb2 on chromosome: 5 position 1296275 to 1300079
Oxytricha	Contig1141.1.g1	9.997093137033517e-262
	Description: RNA polymerase Rpb2, domain 6
SGD	YOR151C	9.997093137033517e-262
	Description: RPB2 RNA polymerase II second largest subunit B150, part of central core; similar to bacterial beta subunit
WormBase	WBGene00018547	9.997093137033517e-262
	Description: locus:clec-78 status:Partially_confirmed UniProt:Q20531 protein_id:CCD71377.2
Tetrahymena borealis	EI9_03352.1	9.997093137033517e-262
	Description: hypothetical protein (1545 aa)

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

1. Ref:8982086: Guerreiro P, Rodrigues-Pousada C (1996) Characterization of a polyubiquitin gene in T. thermophila and of ubiquitin gene expression during sexual reproduction and under stress conditions. Gene 182(1-2):183-8

Sequences

>TTHERM_00077230(coding)
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>TTHERM_00077230(gene)
ATGGACGAGGAAGAATCATTTTTCGAAGGTGAAAACAGCGCACCTGTTTATGATGATGAA
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AATCCACATTGTATTCCCTCTCGTATGACTATTGGTCATATGATTGAAGGTCTTAATTCA
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TACAATCCTTACACAGGTATGAGACTCTCTACTTAAATTTATTATGGTCCTACTTTCTAT
CAACGTCTTAGACATTTAGTCGATGATAAAATGTATTCTCGTTCTAGAGGTCCAGTTGTA
GCAATTGTCAGACAACCTACTCACGGTCGTTCCAGAGGTGGTGGTTTACGTTTTGGTGAA
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GTTTTTATTAAATGATATTATTTAAAATTTACTAGGTACCAGTAATTTCTTAAAAGAAAG
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TAAAGCAGATGTTACAAATCACAAGTATGACTGTACTGGCTGCTCTTAAGGTGATAAGAA
GCACTACAAAATCGTCCAAGTGTATCTCCCATATGCAGCTAAGCAACTTATTCAAGAACT
TATGGCTATGCATATTGTTCCAAGAATTAAAGTTGATGTCACTAGTAAAAAGTATGTTTG
A

>TTHERM_00077230(protein)
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IMEDFKIEVRPTENYMNSNKKEQQIRSQTSYTLTFDRPRKPLPPQKFHMERTFGWGRRGQ
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KIPYQTKVFFNGNWIGFTETPEQIIDVFKEIRRLQKIDGFSIVRDIINKEIRIYTDQGRG
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INQSAIDRGLFRSILYRTYKTTEKKEHMGLNPVIEHIRFPDEKKTIIPASYSFLKLDYDG
IIPPGTQVTGEDVLIGKVVELPKTEGSDKQYKDVSLGCRRSEIGYVDTVILSEDKDGMYI
VKVKLRSNRIPQIGDKFASRHGQKGTCGMTIRGEDLPYNIEGIIAELVINPHCIPSRMTI
GHMIEGLNSKLSSLKGIWGDATPFSGIKLQDIASELHTYGYQRYGNEVLYNPYTGMRLST
QIYYGPTFYQRLRHLVDDKMYSRSRGPVVAIVRQPTHGRSRGGGLRFGEMERDCIIAHGT
SNFLKERTFGVSDQFRTHVCSRCGLFAKADVTNHKYDCTGCSQGDKKHYKIVQVYLPYAA
KQLIQELMAMHIVPRIKVDVTSKKYV