Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00145270

Standard Name

XRN2 (5'-3' exoribonuclease 2)

Aliases

PreTt26735 | 11.m00432 | 3702.m00154

Description

XRN2 XRN 5-prime-3-prime exonuclease amine-terminal protein; XRN 5'-3' exonuclease family protein

Genome Browser (Macronucleus)



Genome Browser (Micronucleus)

External Links

Gene Ontology Annotations

Cellular Component

Molecular Function

Domains

  • ( PF00098 ) Zinc knuckle
  • ( PF03159 ) XRN 5'-3' exonuclease N-terminus

Gene Expression Profile

Vegetative Cell Cycle (Zhang et al., 2023)

GeneMania

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for Tetrahymena Stock Center

Homologs

Source Identifier Score
Tetrahymena borealis EI9_04743.1 9.997093137033517e-262
Description: XRN 5-3 exonuclease (1069 aa)
WormBase WBGene00006964 4.998332321421836e-154
Description: locus:xrn-2 5-3 exoribonuclease 2 homolog status:Partially_confirmed UniProt:Q9U299 protein_id:CAB54449.2
DictyBase DDB_G0276137 9.99530525570754e-113
Description: xrn1 on chromosome: 2 position 6232603 to 6238286
SGD YOR048C 7.00248144504223e-103
Description: RAT1 Nuclear 5 to 3 single-stranded RNA exonuclease, involved in RNA metabolism, including rRNA and snRNA processing as well as poly (A+) dependent and independent mRNA transcription termination
Oxytricha Contig944.1.g4 5.0002513615276457e-88
Description: XRN 5-3 exonuclease N-terminus
Stentor Coeruleus SteCoe_17518 7.175095973164411e-66
Description: None

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

  1. Ref:23084833: Couvillion MT, Bounova G, Purdom E, Speed TP, Collins K (2012) A Tetrahymena Piwi bound to mature tRNA 3' fragments activates the exonuclease Xrn2 for RNA processing in the nucleus. Molecular cell 48(4):509-20

Sequences

>TTHERM_00145270(coding)
ATGGGTGTTCCAGCATTCTTTAGGTGGCTATGTGCAAGAAATCCTTAATTTATTCTTGAT
GCTCATGAAAATTATGAGGAGTTTGACGCGGAGTCAAATAATCCAGAAATAGATAATTTA
TATTTAGATATGAATGGTATTATTCATCCATGTTGTCGTTCTGATGGTTCTGTTGTACCT
ATAGCTCATACAATTTAAGATATGTTTAATAACATATTTTTATACGTAGATAAGCTTATG
GATCTTTGTAGACCTAAGAAAATTTTGTACATGGCAATTGATGGTGTAGCTCCAAGAGCA
AAAATGAATCAGTAGAGAGCTAGAAGATTCAAAGGAGCTAAAGAAGCTGTAGAATTATAA
TAAAAAAAAGAAGAACTTCTTAATGAATTTCGTGAAAGAAGTGAAATTAATGATGATGTT
TTAGCTTTTGTTTAAAATAGATTTGATACAAATGTCATTACTCCAGGTACCGCTTTTATG
AGAGATTTGAGCATGGCCTTATAGCATTATGTTATTGAAAGAATGAACAAACATCCTTTA
TTTAAAGATATTAAAGTAATATTTTCAGATGCTAGTATTCCTGGTGAAGGAGAGCATAAA
ATATTGGATTTCATTAGAGTTTAAAGAGACTAGCAAAATTATGATCCTAATACTAAACAC
TGCTTGTATGGTGCTGATGCTGATTTAATTATGCTTGGATTAAGTACTCATGAGCCCTAT
TTTTATATTATTAGAGAATAAATTATTACTCAAGAAGAAAAACGTTGCTCCATATGTTAG
TAGACTGGACACTTTTAAATGGACTGTCCAAACGAGATGGCAGTTGAAGCTGGATAAAAA
CCAATTAGTTAAAAAATTCTTTAAGCTTAGGAGCAAAAGGTTAGAAAGGGAATCACCTAG
AGTTTTTAGTTTGCAAAATTATATGTAATGCGTCAATACTTAAACATGAGATTCTCAAAA
GTACTTTTCAACGATAATCTTGAGTGCAAATTGAAGATGCAATATGATATTGAAAGGATT
ATAGATGATTTTGTATTTATGTGCTTTTTTGTTGGTAATGACTTCTTACCTCACATACCT
AATTTGAGTATCCGTGATGGAGGTATAGATGCCTTACTTACTCTGTATGATCATACTATA
ACTCAAGTAGATGATTATTTAACTTGTAATGGGGAATTAAATCTTAAATAAGTAGCTAAA
TTATTAGAAAATATGGCAATTGTTGAAGAAGACTTAATGAAATTTAGAAAAGATAAAGAA
GATCGTGATAAAAAGAATTAAGAGATTAACAAAGAAAAGGAAGCAAGGCTCTAAGAATTA
AGGCCTCACATTTCTGAAGAGGAATACTAAAAGAAAAGAAAAGAGTGGAGATTAAAGGAT
GAGAAAAAAGTTGAGATAATTAACAATGAATCGTTATTGTAAAGATTTAAAAGAATATTA
TCAGAAAGAAGTAATGAGGCTAAGACTATTAAGGAAGTAAAAGAAAGCACTTAAATTACT
CTTAACTATAACTATAAATTATCTTATTATAATGATAAATTTGGTGTAAAACCTGAAGAT
TTTATCTAAATGCAGTGGCTTATTAAATAATCATATGTTGAAGCCTTATGTTGGAACTTT
GCTTATTATTATAAAGGATGCATAAGTTGGAGTTGGTATTATCCTTTCCATTATAGTCCT
TTTGCTTCAGATTTAATAGATATTGATTAGCATATCATAGAATTTGAGAGAGGCGAACCA
TTCAAGCCTTTCTATTAGTTACTCTCTGTCTTTCCTCCTGCAAGTGCTTTAAGTGTACCC
GAATGCTTTAGACCTCTTATGATTGAGCCAACTTCAGAAATAGCTGATTTCTATCCTATT
GATTTTTATGTTGATTTAATTGGAAAAAAATTTGAGTGGCTTGGTGAAGTCATTTTACCA
TTTATTGAAGAAGAAAGACTATTAAGGGCTGCTAGAAAATATGAGCATCTGCTATCTCCT
GAAGAAAAGCAAAGAAATACTCCTGGAAAAATTTAGATTTTTTATAATTAAACTTCTATA
AATTATCCTTTAGAACTTAACTAGACAGAACATAAAATTACAGGTGTTCTTGATAATAAT
TGCAACTTTTTGATTAATGGACCAATTAACTTGTTAGATCCTTAGCTAAATTTAAAAAGA
GTAACATTAAATAACGTTTAATGTAGAAACATTACTTTTCCTGAATTTGAGAAACATGGT
ATACAACTTTTAGAAGGACTTATTGAACCAGTCGAAGAGATTTCTGAAAGCTACATTGAC
AAAGCTGATATGAGAACTTATTAAGGAGAAAACGTAATCAAGCTAATTTAAAGAATCTTA
AGAGGATAAGATAATAGATAACCATGGTAAAGAATTAATGATGAAAGGAATAACTATGAG
TAAGGTAGAAGTTAATATGGAAATTCATTAAATTATAGAGAAATGATGAAATATTAAGAT
TAGATGAATTCCCTTTCTTCAGGGTTTAACTAAAACAATAACGATCATCAGTAAACAAAC
GATCAGTATCAATAATAAGATGGCTAGTCAAATAACATCTTCTCCTCTTTAGAAGAAAGA
TAGCCTAGATATTAAAGGTATAACAACGGTAGAAATTCATATAATAACAATAACAATTAC
AGAAATAATTAATACAATAATGGAAACAATAAAAACTTTTAAGGAGGAAAATATTAGAGA
AATAATTCTAATCAACAATATAATAATTAAAATGATGGAAATTATAATAGAAACTACAGC
AACAATAACTATAGCAATAACTATAACAATAATAATTATAATAATAATAATAATAATAGA
AATGATGGATATTAAAGGGGAGGATCGAATCAAAATAACAGGCGTTATAATAATGGAAAC
TAATATTAAGGTAGTGGAATCGATTTGAATAATGTTAACTAAATAAGATCTCAATATTAA
AATTAATAATTATACTAATAAACCTTTTAAAATTAACCTTAATAGCCAGTATAATAATCA
AACTTATAAATATTCGAGCCTGCATAAACAACATAACCTAAAATATAAGCACCATCTTAT
ATCAATCAGTTCTAATTCAAATAGAACCAACCACCTGCTCAGCCAAATAAGATTTACGAA
CCAGACATAGGTTTAAATGATGGTAATTAAGAATATGATCCTTTAGAAGCAATAAAGAAA
TAATTTAAGAAAAATTGA


>TTHERM_00145270(gene)
ATGGGTGTTCCAGCATTCTTTAGGTGGCTATGTGCAAGAAATCCTTAATTTATTCTTGAT
GCTCATGAAAATTATGAGGAGTTTGACGCGGAGTCAAATAATCCAGAAATAGATAATTTA
TATTTAGATATGAATGGTATTATTCATCCATGTTGTCGTTCTGATGGTTCTGTTGTACCT
ATAGCTCATACAATTTAAGATATGTTTAATAACATATTTTTATACGTAGATAAGGTAAAT
TATAAATTAAATGTTTAAAGCTTTATAAATTTAGAATTAGTTGTTAGTCTTCTTTGCAGA
AAACATTGTTAAAGAAGACTAATTACTAAATTAGACTATTTTATTTAGGCATTATGTTTA
ATTAGCTTTTGAATTTATAAATTCTAATTTATTTTATATAGCTTATGGATCTTTGTAGAC
CTAAGAAAATTTTGTACATGGCAATTGATGGTGTAGCTCCAAGAGCAAAAATGAATCAGT
AGAGAGCTAGAAGATTCAAAGGAGCTAAAGAAGCTGTAGAATTATAATAAAAAAAAGAAG
AACTTCTTAATGAATTTCGTGAAAGAAGTGAAATTAATGATGATGTTTTAGCTTTTGTTT
AAAATAGATTTGATACAAATGTCATTACTCCAGGTAAAATTTATAAAAGGCATCTTTTTG
AATAATATTATCAATAGTTTTTTAAAAATTGGTTATTTTAACATACACTTTAACATTAAT
TTTAAGATTTATTTTTTTTTTAATTCATTAGGTACCGCTTTTATGAGAGATTTGAGCATG
GCCTTATAGCATTATGTTATTGAAAGAATGAACAAACATCCTTTATTTAAAGATATTAAA
GTAATATTTTCAGATGCTAGTATTCCTGGTGAAGGAGAGCATAAAATATTGGATTTCATT
AGAGTTTAAAGAGACTAGCAAAATTATGATCCTAATACTAAACACTGCTTGTATGGTGCT
GATGCTGATTTAATTATGCTTGGATTAAGTACTCATGAGCCCTATTTTTATATTATTAGA
GAATAAATTATTACTCAAGAAGAAAAACGTTGCTCCATATGTTAGTAGACTGGACACTTT
TAAATGGACTGTCCAAACGAGATGGCAGTTGAAGCTGGATAAAAACCAATTAGTTAAAAA
ATTCTTTAAGCTTAGGAGCAAAAGGTTAGAAAGGGAATCACCTAGAGTTTTTAGTTTGCA
AAATTATATGTAATGCGTCAATACTTAAACATGAGATTCTCAAAAGTACTTTTCAACGAT
AATCTTGAGTGCAAATTGAAGATGCAATATGATATTGAAAGGATTATAGATGATTTTGTA
TTTATGTGCTTTTTTGTTGGTAATGACTTCTTACCTCACATACCTAATTTGAGTATCCGT
GATGGAGGTATAGATGCCTTACTTACTCTGTATGATCATACTATAACTCAAGTAGATGAT
TATTTAACTTGTAATGGGGAATTAAATCTTAAATAAGTAGCTAAATTATTAGAAAATATG
GCAATTGTTGAAGAAGACTTAATGAAATTTAGAAAAGATAAAGAAGATCGTGATAAAAAG
AATTAAGAGATTAACAAAGAAAAGGAAGCAAGGCTCTAAGAATTAAGGCCTCACATTTCT
GAAGAGGAATACTAAAAGAAAAGAAAAGGTAAAAATTCATACTTTAAAAATAAATCACTA
CTTATTTTTTAATATGCAATAATAAATTTTAATCAGACAAACACTCTAAAATACTAAAAT
TAATTGATAATTAAAGATAAAAAATCTTAAGAATATTTTACTTTAAATGATAAAACAAAT
AAAATTTTTAAATTTACCATATCATTGCCAACAAAAAATATAATTTTATTATTTCCATTA
AAAAATGAATCATAAATTTTCTACTTCTGCAAATTTGTAGTAAATTTGATCATAGAATTA
GTTGAATTATATTTGTCAGTTTTTTACATTTTAATGTGATTGAAATAATTATTTATTTAT
TTATGTATTTAGATAAATTACAAATTATTATTATTTTAATTAAAAGAGTGGAGATTAAAG
GATGAGAAAAAAGTTGAGATAATTAACAATGAATCGTTATTGTAAAGATTTAAAAGAATA
TTATCAGAAAGAAGTAATGAGGCTAAGACTATTAAGGAAGTAAAAGAAAGCACTTAAATT
ACTCTTAACTATAACTATAAATTATCTTATTATAATGATAAATTTGGTGTAAAACCTGAA
GATTTTATCTAAATGCAGTGGCTTATTAAATAATCATATGTTGAAGCCTTATGTTGGAAC
TTTGCTTATTATTATAAAGGATGCATAAGTTGGAGTTGGTATTATCCTTTCCATTATAGT
CCTTTTGCTTCAGATTTAATAGATATTGATTAGCATATCATAGAATTTGAGAGAGGCGAA
CCATTCAAGCCTTTCTATTAGTTACTCTCTGTCTTTCCTCCTGCAAGTGCTTTAAGTGTA
CCCGAATGCTTTAGACCTCTTATGATTGAGCCAACTTCAGAAATAGCTGATTTCTATCCT
ATTGATTTTTATGTTGATTTAATTGGAAAAAAATTTGAGTGGCTTGGTGAAGTAAATTTA
TTTGAATTAATTTATTAAACTATTCAAAATCATATTAAATTGAATTAAATAATTATTATT
TCATCATCAGATGAAAAAAATTTTACTTTAATAAATACTAAAAATAATAAATTTAAATAA
ATTACAAGACAGTTTACATTAAATTTTGAAAAATAAAATGTAAAACAATTTAAATATTTT
TGATATGATAAGAGACTAAATAAATACTTCAAAATTTTTACAATAATTTCAGAAAATATA
AATATTAATAACTTAAAATTAATAATTAGGTCATTTTACCATTTATTGAAGAAGAAAGAC
TATTAAGGGCTGCTAGAAAATATGAGCATCTGCTATCTCCTGAAGAAAAGCAAAGAAATA
CTCCTGGAAAAATTTAGATTTTTTATAATTAAACTTCTATAAATTATCCTTTAGAACTTA
ACTAGACAGAACATAAAATTACAGGTGTTCTTGATAATAATTGCAACTTTTTGATTAATG
GACCAATTAACTTGTTAGATCCTTAGCTAAATTTAAAAAGAGTAACATTAAATAACGTTT
AATGTAGAAACATTACTTTTCCTGAATTTGAGAAACATGGTATACAACTTTTAGAAGGAC
TTATTGAACCAGTCGTAATATAATTTTACTTTTTTTACAAAATGCAAATAGCTTTCATGA
TTTTTAATTTTACAGTATTATTTTTTAAATAAAAATTTATTGAATAGGAAGAGATTTCTG
AAAGCTACATTGACAAAGCTGATATGAGAACTTATTAAGGAGAAAACGTAATCAAGCTAA
TTTAAAGAATCTTAAGAGGATAAGATAATAGATAACCATGGTAAAGAATTAATGATGAAA
GGAATAACTATGAGTAAGGTAGAAGTTAATATGGAAATTCATTAAATTATAGAGAAATGA
TGAAATATTAAGATTAGATGAATTCCCTTTCTTCAGGGTTTAACTAAAACAATAACGATC
ATCAGTAAACAAACGATCAGTATCAATAATAAGATGGCTAGTCAAATAACATCTTCTCCT
CTTTAGAAGAAAGATAGCCTAGATATTAAAGGTATAACAACGGTAGAAATTCATATAATA
ACAATAACAATTACAGAAATAATTAATACAATAATGGAAACAATAAAAACTTTTAAGGAG
GAAAATATTAGAGAAATAATTCTAATCAACAATATAATAATTAAAATGATGGAAATTATA
ATAGAAACTACAGCAACAATAACTATAGCAATAACTATAACAATAATAATTATAATAATA
ATAATAATAATAGAAATGATGGATATTAAAGGGGAGGATCGAATCAAAATAACAGGCGTT
ATAATAATGGAAACTAATATTAAGGTAGTGGAATCGATTTGAATAATGTTAACTAAATAA
GATCTCAATATTAAAATTAATAATTATACTAATAAACCTTTTAAAATTAACCTTAATAGC
CAGTATAATAATCAAACTTATAAATATTCGAGCCTGCATAAACAACATAACCTAAAATAT
AAGCACCATCTTATATCAATCAGTTCTAATTCAAATAGAACCAACCACCTGCTCAGCCAA
ATAAGATTTACGAACCAGACATAGGTTTAAATGATGGTAATTAAGAATATGATCCTTTAG
AAGCAATAAAGAAATAATTTAAGAAAAATTGA


>TTHERM_00145270(protein)
MGVPAFFRWLCARNPQFILDAHENYEEFDAESNNPEIDNLYLDMNGIIHPCCRSDGSVVP
IAHTIQDMFNNIFLYVDKLMDLCRPKKILYMAIDGVAPRAKMNQQRARRFKGAKEAVELQ
QKKEELLNEFRERSEINDDVLAFVQNRFDTNVITPGTAFMRDLSMALQHYVIERMNKHPL
FKDIKVIFSDASIPGEGEHKILDFIRVQRDQQNYDPNTKHCLYGADADLIMLGLSTHEPY
FYIIREQIITQEEKRCSICQQTGHFQMDCPNEMAVEAGQKPISQKILQAQEQKVRKGITQ
SFQFAKLYVMRQYLNMRFSKVLFNDNLECKLKMQYDIERIIDDFVFMCFFVGNDFLPHIP
NLSIRDGGIDALLTLYDHTITQVDDYLTCNGELNLKQVAKLLENMAIVEEDLMKFRKDKE
DRDKKNQEINKEKEARLQELRPHISEEEYQKKRKEWRLKDEKKVEIINNESLLQRFKRIL
SERSNEAKTIKEVKESTQITLNYNYKLSYYNDKFGVKPEDFIQMQWLIKQSYVEALCWNF
AYYYKGCISWSWYYPFHYSPFASDLIDIDQHIIEFERGEPFKPFYQLLSVFPPASALSVP
ECFRPLMIEPTSEIADFYPIDFYVDLIGKKFEWLGEVILPFIEEERLLRAARKYEHLLSP
EEKQRNTPGKIQIFYNQTSINYPLELNQTEHKITGVLDNNCNFLINGPINLLDPQLNLKR
VTLNNVQCRNITFPEFEKHGIQLLEGLIEPVEEISESYIDKADMRTYQGENVIKLIQRIL
RGQDNRQPWQRINDERNNYEQGRSQYGNSLNYREMMKYQDQMNSLSSGFNQNNNDHQQTN
DQYQQQDGQSNNIFSSLEERQPRYQRYNNGRNSYNNNNNYRNNQYNNGNNKNFQGGKYQR
NNSNQQYNNQNDGNYNRNYSNNNYSNNYNNNNYNNNNNNRNDGYQRGGSNQNNRRYNNGN
QYQGSGIDLNNVNQIRSQYQNQQLYQQTFQNQPQQPVQQSNLQIFEPAQTTQPKIQAPSY
INQFQFKQNQPPAQPNKIYEPDIGLNDGNQEYDPLEAIKKQFKKN