Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00146330

Standard Name

UPFL1 (UP-Frameshift protein-Like 1)

Aliases

PreTt26840 | 11.m00537 | 3702.m00259 | UPF1b

Description

AAA domain protein; One of two paralogs of UPF1.

Genome Browser (Macronucleus)

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External Links

• Uniprot
• Alphafold

Gene Ontology Annotations

Cellular Component

• macronucleus (IDA) | GO:0031039
• P-body (IDA) | GO:0000932

Biological Process

• mRNA catabolic process (IDA) | GO:0006402
• nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay (ISO) | GO:0000184

Domains

• ( PF00096 ) Zinc finger, C2H2 type
• ( PF00270 ) DEAD/DEAH box helicase
• ( PF00580 ) UvrD/REP helicase
• ( PF04699 ) ARP2/3 complex 16 kDa subunit
• ( PF04851 ) type III restriction enzyme, res
• ( PF07198 ) Protein of unknown function (DUF1410)
• ( TIGR00376 ) DNA helicase, putative
• ( TIGR00959 ) signal recognition particle protein
• ( TIGR01447 ) exodeoxyribonuclease V, alpha subunit
• ( TIGR03158 ) CRISPR-associated helicase, Cyano-type

Gene Expression Profile

Vegetative Cell Cycle (Zhang et al., 2023)

GeneMania

No results were calculated for this gene in GeneMania.

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for Tetrahymena Stock Center

Homologs

Source	Identifier	Score
Tetrahymena borealis	EI9_04650.1	9.997093137033517e-262
	Description: hypothetical protein (1221 aa)
DictyBase	DDB_G0288923	7.99705442073232e-89
	Description: upf1 on chromosome: 5 position 2130048 to 2134208
Oxytricha	Contig17825.0.g106	3.0008725323024365e-87
	Description: RNA helicase (UPF2 interacting domain)
WormBase	WBGene00004880	6.000861789407751e-87
	Description: locus:smg-2 Regulator of nonsense transcripts 1 status:Confirmed UniProt:O76512 protein_id:CCD73461.1
SGD	YMR080C	6.000861789407751e-87
	Description: NAM7 ATP-dependent RNA helicase of the SFI superfamily involved in nonsense mediated mRNA decay; required for efficient translation termination at nonsense codons and targeting of NMD substrates to P-bodies; involved in telomere maintenance
Stentor Coeruleus	SteCoe_3983	4.906094730649281e-35
	Description: None

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

1. Ref:28402567: Tian M, Yang W, Zhang J, Dang H, Lu X, Fu C, Miao W (2017) Nonsense-mediated mRNA decay in Tetrahymena is EJC independent and requires a protozoa-specific nuclease. Nucleic acids research 45(11):6848-6863

Sequences

>TTHERM_00146330(coding)
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>TTHERM_00146330(gene)
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TTACTAATAGTTGGAAACAAGAAACATGTGAGTTATTCAAGATGGTGGAAACAAATCATT
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>TTHERM_00146330(protein)
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