Identifiers and Description
Gene Model Identifier
TTHERM_00193800Standard Name
CHD1 (Chromo-Helicase-DNA-binding domain 1)Aliases
PreTt06663 | 16.m00319Description
CHD1 type III restriction enzyme res subunit family protein; SNF2-related proteinGenome Browser (Macronucleus)
Genome Browser (Micronucleus)
External Links
Gene Ontology Annotations
Cellular Component
- chromatin (IEA) | GO:0000785
- nucleus (IEA) | GO:0005634
Molecular Function
- ATP binding (IEA) | GO:0005524
- chromatin binding (IEA) | GO:0003682
- DNA binding (IEA) | GO:0003677
- helicase activity (IEA) | GO:0004386
- hydrolase activity (IEA) | GO:0016787
- nucleic acid binding (IEA) | GO:0003676
Biological Process
- chromatin assembly or disassembly (IEA) | GO:0006333
Domains
- ( PF00130 ) Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain)
- ( PF00176 ) SNF2-related domain
- ( PF00270 ) DEAD/DEAH box helicase
- ( PF00271 ) Helicase conserved C-terminal domain
- ( PF00320 ) GATA zinc finger
- ( PF00385 ) Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain
- ( PF00439 ) Bromodomain
- ( PF00628 ) PHD-finger
- ( PF04851 ) Type III restriction enzyme, res subunit
- ( PF06304 ) Protein of unknown function (DUF1048)
- ( PF07599 ) Protein of unknown function (DUF1563)
- ( TIGR00864 ) polycystin cation channel protein
- ( TIGR01612 ) rhoptry protein
- ( TIGR01784 ) conserved hypothetical protein
Gene Expression Profile
Vegetative Cell Cycle (Zhang et al., 2023)
GeneMania
Tetrahymena Stock Center
No Data fetched for Tetrahymena Stock Center
Homologs
Source Identifier Score Stentor Coeruleus SteCoe_34011 0 Description: None Tetrahymena borealis EI9_03657.1 9.997093137033517e-262 Description: type III restriction enzyme, res subunit protein (2156 aa) Oxytricha Contig11634.0.g75 9.997093137033517e-262 Description: SNF2 family N-terminal domain DictyBase DDB_G0280705 5.998685392774004e-165 Description: chdB on chromosome: 3 position 3648861 to 3656137 WormBase WBGene00007053 1.9992336839414155e-150 Description: locus:chd-7 status:Partially_confirmed UniProt:O61845 protein_id:CCD61264.1 SGD YER164W 3.998306063536528e-116 Description: CHD1 Nucleosome remodeling factor that functions in regulation of transcription elongation; contains a chromo domain, a helicase domain and a DNA-binding domain; component of both the SAGA and SLIK complexes
General Information
No Data fetched for General Information
Associated Literature
- Ref:29523178: Saettone A, Garg J, Lambert JP, Nabeel-Shah S, Ponce M, Burtch A, Thuppu Mudalige C, Gingras AC, Pearlman RE, Fillingham J (2018) The bromodomain-containing protein Ibd1 links multiple chromatin-related protein complexes to highly expressed genes in Tetrahymena thermophila. Epigenetics & chromatin 11(1):10
- Ref:9115421: Tsukiyama T, Wu C (1997) Chromatin remodeling and transcription. Current opinion in genetics & development 7(2):182-91
- Ref:17821280: Harrison JA, Fowler EH (1945) AN ANTIGEN-ANTIBODY REACTION WITH TETRAHYMENA WHICH RESULTS IN DYSTOMY. Science (New York, N.Y.) 102(2638):65-6
Sequences
>TTHERM_00193800(coding)
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ATGATAAAGATAATTAATTAATTATATGGTTAATGCTATAAAAATTCATAGCAATTAGCT
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GAATAAGTAGATAATTTGCAAGTAAAAATTAAACCATTTTTACTGAGACGTATGAAAGAA
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AAGCGTGATGTTTTCTTACTTTCAACTAAAGCTGGTGGTCTTGGTATTAACTTGACATCT
GCAAATATTGTAATAATATTTGATTCAGATTGGAATCCTTAAAATGATGTCTAAGCTACT
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GTATTAAAAGACTAAGAAAGTAAGACTTTATTGGCTCTTAAAGAATATGATGAGCGCTCT
AAAATACTTTCTGTTGATGTTGAAGAATAAAAGAAATATTTCTTTAAAGTTTGTGAATTT
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AATATTACCGATATTTTAAATAAAATTTCTGATAGTAAAGACTTCCATACTAAATATAAA
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AATTCTTCTGACGAAAATGATCTCTTTTATGATGGATACTCAGATTTAGAATCAGATGAA
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TGCAAAAAAAAAGGAAGTTTCTTCCCTCCTGCCGTTTTAAATAAATAAAATAAGCGTATT
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CATCCTGTTTGTATTAAGCCTTATGCCTTATTCAAGTACATTGATTCAAATAATAAACGT
TTCCGTTGCCCATTACATTATTGTGCTCATTGCTTTATTTCTGGAGATTCTATGGCTATT
TCTTAATGTGTTAGATGTCCTAAAGCCTATCATCTTCGCTGCTTTGAAAAAGCTAAGGTC
CTGAAACTTACAAAAAAACTTATGCTTTGTGAAGATCACCCTCATTAATATTATAAAAAC
ATACATTCTAGCAGCGGATCTAATTCAAATAATAAAAATAGCTCATCATAATCAAATAAC
AACAACAATAATAATAATAGCAGATAGTAGAGTTCATAAAATGTATCTGCTAGTAACACT
AATACTAGATCCAAATCTGGTGCAACAAATAGCAACGATAACATTGTTGATGATACTTAA
CAAAAGAAATAAAAATTAAATAATGGTACAGGATAAGTAAGCACAAATAATAAAACTTCT
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GGAGAATAAGAATAGACTGTTGCTCCTAAACCTAAAGCTAAAAAGCCTGCTCCTCCCCCT
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TCACAAAAAGACTTTGACTACCAGAAATATCAAAGGGATTGGTGCAGATATTGTGGTGCA
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GCTTCAAGTTCAGAAAAATAGGAATCAAAAAAAGAAACACCTGCCTCTAACACAAATAAA
AATGAAACAAAGACAGAGGAAGAAGATGGCTAAAAAATAAACAAGGTTTGA>TTHERM_00193800(gene)
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ATGATAAAGATAATTAATTAATTATATGGTTAATGCTATAAAAATTCATAGCAATTAGCT
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ATCATATATAATCAAATTCTCAAGCAATTATAAAGAAATAATTGGAATAAAATTAAAGAG
GAAAAGAACAAAAGAAAAAATATATATAAAGAAATAAAAAAAAAGATTAAAAAATAAAGA
AAAAATAATTAGATGTCAGGATCTGAGGATTCAATTGAAAATCAAAGTTCATTTGATGAT
GATAGTTATTCAGACGGACGTCTTCCTCGCTCATCTAAGAGAAAGGGAAGAAAACCAAAG
TAATTAAGGCCTCCCATTTTATATCAATTTCTTAAAACAAGCCAAGCCCTTCCTTTCCTT
CTCAACCTTCACTCTTACTTCCTAGCTATATAGGAATCTTTGATATATTCTCCCCACTCT
ATTTTTATCTTGAATTTTACAAAGTTATTTATTCATATTAATTGGTTTTTTTTTTTTTTG
ATTTAAGTGCTTTTATAATAAGCACCTTTGCATAAAAGCGATGATAAAAAAGTAATACTA
GGAGGGAAGTGGCGCGAAAAGAAATAAATTTTTAAATAAATCTAAATAAATATAGATCGT
AAGCCATTAAAGAAGAAGATGGAGCAGATGGTGAATTGAATGAAGAAAGGTACATTACAT
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ATTTGCATAGTCAATTAATCATATCAAAAATTACATAGAAGCAATAAAAAAGGAATAAAA
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CTGGAAGCGAACCAGGCGGAATTTTTTATCCAGAGATAGATTAAATACTTTGGAAGCGTT
TTAAAAAGGGTTCAGAAAGCGAATATGAGTATCTAGTGAAGTACAAAGAGTACTCTTACC
TTCATTGTGAATGGTTAGAAGAAAAAGATGTTATAGGTGATTCAAAGTCTGGAAAAAATA
AACTCAACAGATTCAACAAAAATTTTGAAAAAAAGCTTCACGACGGTGTAAGCAGCTTAC
TCTATTAACTTATATTTAATTTTGGATTTATTTAAAAAATGGCTAACAAATATATTTATT
TTTTCAAAACTCAGTCAATTACAATAAATTAGTGAAATGAGATGCCGATTGTTCTATGCA
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AATACATCCTAAAAAGGCTAATGAAATTAAAGGTAAATGGAGCGAATTGCTTGTAGTCAT
AATACAAAAGCTCTTGAATTTTACAAAGGACGATGTGCATTATGGTATTTATTTTATGGA
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GCTTTTATTAATCACCTTTACACTTTTGAAAATGTTCGTGGTCCTTTCCTAATTATAGCT
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AATTTGCAAGTAAAAATTAAACCATTTTTACTGAGACGTATGAAAGAAGATGTAGAAGAC
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CTAAAAAGAGTAAATAAATAATTTGAGCTAAAATTTTTTTTTAAAGAATATTAATTTTAC
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