Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00193800

Standard Name

CHD1 (Chromo-Helicase-DNA-binding domain 1)

Aliases

PreTt06663 | 16.m00319

Description

CHD1 type III restriction enzyme res subunit family protein; SNF2-related protein

Genome Browser (Macronucleus)



Genome Browser (Micronucleus)

External Links

Gene Ontology Annotations

Cellular Component

Molecular Function

Biological Process

Domains

  • ( PF00130 ) Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain)
  • ( PF00176 ) SNF2-related domain
  • ( PF00270 ) DEAD/DEAH box helicase
  • ( PF00271 ) Helicase conserved C-terminal domain
  • ( PF00320 ) GATA zinc finger
  • ( PF00385 ) Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain
  • ( PF00439 ) Bromodomain
  • ( PF00628 ) PHD-finger
  • ( PF04851 ) Type III restriction enzyme, res subunit
  • ( PF06304 ) Protein of unknown function (DUF1048)
  • ( PF07599 ) Protein of unknown function (DUF1563)
  • ( TIGR00864 ) polycystin cation channel protein
  • ( TIGR01612 ) rhoptry protein
  • ( TIGR01784 ) conserved hypothetical protein

Gene Expression Profile

Vegetative Cell Cycle (Zhang et al., 2023)

GeneMania

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for Tetrahymena Stock Center

Homologs

Source Identifier Score
Stentor Coeruleus SteCoe_34011 0
Description: None
Tetrahymena borealis EI9_03657.1 9.997093137033517e-262
Description: type III restriction enzyme, res subunit protein (2156 aa)
Oxytricha Contig11634.0.g75 9.997093137033517e-262
Description: SNF2 family N-terminal domain
DictyBase DDB_G0280705 5.998685392774004e-165
Description: chdB on chromosome: 3 position 3648861 to 3656137
WormBase WBGene00007053 1.9992336839414155e-150
Description: locus:chd-7 status:Partially_confirmed UniProt:O61845 protein_id:CCD61264.1
SGD YER164W 3.998306063536528e-116
Description: CHD1 Nucleosome remodeling factor that functions in regulation of transcription elongation; contains a chromo domain, a helicase domain and a DNA-binding domain; component of both the SAGA and SLIK complexes

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

  1. Ref:29523178: Saettone A, Garg J, Lambert JP, Nabeel-Shah S, Ponce M, Burtch A, Thuppu Mudalige C, Gingras AC, Pearlman RE, Fillingham J (2018) The bromodomain-containing protein Ibd1 links multiple chromatin-related protein complexes to highly expressed genes in Tetrahymena thermophila. Epigenetics & chromatin 11(1):10
  2. Ref:9115421: Tsukiyama T, Wu C (1997) Chromatin remodeling and transcription. Current opinion in genetics & development 7(2):182-91
  3. Ref:17821280: Harrison JA, Fowler EH (1945) AN ANTIGEN-ANTIBODY REACTION WITH TETRAHYMENA WHICH RESULTS IN DYSTOMY. Science (New York, N.Y.) 102(2638):65-6

Sequences

>TTHERM_00193800(coding)
ATGGAAATCTATTAATTTTATCAATTGAATAATCAAATTATTTGTTTGCTATTATTTTTT
ATGATAAAGATAATTAATTAATTATATGGTTAATGCTATAAAAATTCATAGCAATTAGCT
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ACAGGTACTCCTATTTAAAATAACACAGAAGAACTATGGACTTTGCTTAATTACATTGAA
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CTCTAAAAAACTCTTTATCGTGCTATCTATGAAAGAAATAAAAGTATGCTCCAAAAGAAT
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TGCAATCATCCTTTCTTAATTAAAGAAATGGAAATAGAACTCACCCAAAATTTTAAAACT
TCTGAAGAGCGCTATAAATGCCTTGTTGATACTTCTGGTAAAATGATTTTACTTGATAAG
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GCAAATATTGTAATAATATTTGATTCAGATTGGAATCCTTAAAATGATGTCTAAGCTACT
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AAAATACTTTCTGTTGATGTTGAAGAATAAAAGAAATATTTCTTTAAAGTTTGTGAATTT
GTAAATGATCTTATTTCAAGTAAATTGAGCTTAATTGGCTACAATGCTGATGATGAAAAA
AATATTACCGATATTTTAAATAAAATTTCTGATAGTAAAGACTTCCATACTAAATATAAA
GATCTTGCAATGAATTTTATTTATGAAGTCTCTCGCCCCTCTCGTCGTTTCCGTAAAGTT
ACCTTGCAAGATTTGGATGTTACTAATCCAGAAAATCAGAAATCTAAAAAGAATATTTCC
AATTCTTCTGACGAAAATGATCTCTTTTATGATGGATACTCAGATTTAGAATCAGATGAA
TTAGGCGTTGGTTCTGTAAATAACTTCCCATCAGAAAAAAAGACTGGAAGTAAAGACAAA
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TCATTCCATAGTGAATGTAAAGAGAGAGTAGAAGCAGGATGGATTAATGAAAATGGTATG
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ATGTTAAATATTAACTATACATGCAAGGATTGTGAAGCAAATACAGCTATCTGCTTTATT
TGCAAAAAAAAAGGAAGTTTCTTCCCTCCTGCCGTTTTAAATAAATAAAATAAGCGTATT
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CATCCTGTTTGTATTAAGCCTTATGCCTTATTCAAGTACATTGATTCAAATAATAAACGT
TTCCGTTGCCCATTACATTATTGTGCTCATTGCTTTATTTCTGGAGATTCTATGGCTATT
TCTTAATGTGTTAGATGTCCTAAAGCCTATCATCTTCGCTGCTTTGAAAAAGCTAAGGTC
CTGAAACTTACAAAAAAACTTATGCTTTGTGAAGATCACCCTCATTAATATTATAAAAAC
ATACATTCTAGCAGCGGATCTAATTCAAATAATAAAAATAGCTCATCATAATCAAATAAC
AACAACAATAATAATAATAGCAGATAGTAGAGTTCATAAAATGTATCTGCTAGTAACACT
AATACTAGATCCAAATCTGGTGCAACAAATAGCAACGATAACATTGTTGATGATACTTAA
CAAAAGAAATAAAAATTAAATAATGGTACAGGATAAGTAAGCACAAATAATAAAACTTCT
TCAAATAATTCATCCTAATAAAATGGTGTTAATTAAGCAAAGGAAGCTCTGGAAAAAGCC
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ATGACTCGTTCTCAAGAAAAAAATATTCAAAATTAACAATCCACAATTAGTTAATTCTTT
GGAAAAAAAGACAATAAACTTAAAGAAAAGTAAGACTAAAAAAATGTAAAATTAGAAGAT
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TCACAAAAAGACTTTGACTACCAGAAATATCAAAGGGATTGGTGCAGATATTGTGGTGCA
AGATTCTCAAGCAATTTCACAAAAGGACCATGGGGACCTAGAACACTCTGCACAGTTCAT
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GATGAGTCTTACAATCCAGAGATTCTTTTGAAGGAGATGATGAATATTAATCTTAATGGC
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>TTHERM_00193800(gene)
ATGGAAATCTATTAATTTTATCAATTGAATAATCAAATTATTTGTTTGCTATTATTTTTT
ATGATAAAGATAATTAATTAATTATATGGTTAATGCTATAAAAATTCATAGCAATTAGCT
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GAAAAGAACAAAAGAAAAAATATATATAAAGAAATAAAAAAAAAGATTAAAAAATAAAGA
AAAAATAATTAGATGTCAGGATCTGAGGATTCAATTGAAAATCAAAGTTCATTTGATGAT
GATAGTTATTCAGACGGACGTCTTCCTCGCTCATCTAAGAGAAAGGGAAGAAAACCAAAG
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CTCAACCTTCACTCTTACTTCCTAGCTATATAGGAATCTTTGATATATTCTCCCCACTCT
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TTTTCAAAACTCAGTCAATTACAATAAATTAGTGAAATGAGATGCCGATTGTTCTATGCA
AAAGATAAGACAAAATAAGATTTAAAAAGTGGAATTTCAACTTAGCATTCAAAACACGAA
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TGATTTTACTTGATAAGCTCGTTCAGAAATACAAAATTGAAGGAAAGAAGATTTTGATTT
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AGTATGAGAAAATTGACGGATCAGTTAAATCTAAAGAGCGTTAGAATGCTATTGATCGCT
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GTATTAACTTGACATCTGCAAATATTGTAATAATATTTGATTCAGATTGGAATCCTTAAA
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ATGAATCTAAGAAGCTTGGTAAAAATGATGTAGAAAGTCTTCTGAAAAAGGGTATTCTTG
GTTTGGTAAATGAAGAAGAAGAAAACAAAAAATCTAATGAATTTTAAGAAGAAGATATTG
ATATGATTTTAAAGAACAATACTCGTATTGCTAAGTATTCGGTCATAAATGGCAGCTATA
GTTTCAGCAAAGGTTCATTCATATCCAACAAGGCAGATACTGACCTCAAGATTGATGATC
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AATATGATGAGCGCTCTAAAATACTTTCTGTTGATGTTGAAGAATAAAAGAAATATTTCT
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ATGCTGATGATGAAAAAAATATTACCGATATTTTAAATAAAATTTCTGATAGTAAAGACT
TCCATACTAAATATAAAGATCTTGCAATGAATTTTATTTATGAAGTCTCTCGCCCCTCTC
GTCGTTTCCGTAAAGTTACCTTGCAAGATTTGGATGTTACTAATCCAGAAAATCAGAAAT
CTAAAAAGAGTAAATAAATAATTTGAGCTAAAATTTTTTTTTAAAGAATATTAATTTTAC
ATTTATATTAGATATTTCCAATTCTTCTGACGAAAATGATCTCTTTTATGATGGATACTC
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GACTGGAAGTAAAGACAAAGAAAAAAGTTCAGAAAATGGTGGCAGCGGAGTAAGTAAAAA
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TTAAGGTCATTGTAAGAGATCATTCCATAGTGAATGTAAAGAGAGAGTAGAAGCAGGATG
GATTAATGAAAATGGTATGACAAGCGAAACTAGAATCGTACCTACTGAGGATCATTACGA
TGAAGAACGTCTTAAAAAAATGTTAAATATTAACTATACATGCAAGGATTGTGAAGCAAA
TACAGCTATCTGCTTTATTTGCAAAAAAAAAGGAAGTTTCTTCCCTCCTGCCGTTTTAAA
TAAATAAAATAAGCGTATTTAATAATAAAAATAAAAAATTATTGCAGAGAAAGAAAAGCA
AAAGGACCCATCTAATGAAATAGTTGAGGAATCTGAGAATGAATTAGATGAAGATTATGA
CTTGGTTGAAGATGATTCAGTATCATAAAAAACAAGTGATTTGACAAAATGCTCAACTGC
TAATTGTAATAAATTTTACCATCCTGTTTGTATTAAGCCTTATGCCTTATTCAAGTACAT
TGATTCAAATAATAAACGTTTCCGTTGCCCATTACATTATTGTGCTCATTGCTTTATTTC
TGGAGATTCTATGGCTATTTCTTAATGTGTTAGATGTCCTAAAGCCTATCATCTTCGCTG
CTTTGAAAAAGCTAAGGTCCTGAAACTTACAAAAAAACTTATGCTTTGTGAAGATCACCC
TCATTAATATTATAAAAACATACATTCTAGCAGCGGATCTAATTCAAATAATAAAAATAG
CTCATCATAATCAAATAACAACAACAATAATAATAATAGCAGATAGTAGAGTTCATAAAA
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CATTGTTGATGATACTTAACAAAAGAAATAAAAATTAAATAATGGTACAGGATAAGTAAG
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GGAAGCTCTGGAAAAAGCCACTTAACCAGCAGCAAATTCTAATCAATCTTAAGCAAATAC
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CACAATTAGTTAATTCTTTGGAAAAAAAGACAATAAACTTAAAGAAAAGTAAGACTAAAA
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AAAGCCTGCTCCTCCCCCTCCACCACCACCAAAAGAGCGTGAACCTCCTTAATTTTCATA
TGAAGACTTTAAGATCCCATCACAAAAAGACTTTGACTACCAGAAATATCAAAGGGTAAT
TGAAAATTAATGATTTGATAAAAATAACCGAGAAAAAAATTTTATTTTATTTACAAAAAA
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CAAGCAATTTCACAAAAGGACCATGGGGACCTAGAACACTCTGCACAGTTCATTATATAG
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TAAATCCTGATGACTAAACTGAGCTACATTTTATGAGTAGACTAAAATAAAAGGATGAGT
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CTTTGAATAGCTAAGAATTGAAAGATGTAAATTAGGATAGTAACTCTGGTAAAGCTTCAA
GTTCAGAAAAATAGGAATCAAAAAAAGAAACACCTGCCTCTAACACAAATAAAAATGAAA
CAAAGACAGAGGAAGAAGATGGCTAAAAAATAAACAAGGTTTGA


>TTHERM_00193800(protein)
MEIYQFYQLNNQIICLLLFFMIKIINQLYGQCYKNSQQLAYAFSLIKSQIFYQVLAEFSI
IIYNQILKQLQRNNWNKIKEEKNKRKNIYKEIKKKIKKQRKNNQMSGSEDSIENQSSFDD
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KYKEYSYLHCEWLEEKDVIGDSKSGKNKLNRFNKNFEKKLHDGDFDEDAEENERYFDPTY
IEVDRILQCVELFPIIHPKKANEIKGKWSELLVVIIQKLLNFTKDDVHYGIYFMEPVNPE
RDNCQNYKKIITNPMDLGTISNRLYLDYYKSFQHFFQDFGLIFKNCRKYNKDPESDIRIL
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