Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00387050

Standard Name

LIG4 (DNA ligase IV)

Aliases

PreTt24799 | 41.m00206

Description

LIG4 ATP-dependent DNA ligase; DNA ligase required for nonhomologous end-joining (NHEJ)

Genome Browser (Macronucleus)



Genome Browser (Micronucleus)

External Links

Gene Ontology Annotations

Molecular Function

Biological Process

Domains

  • ( PF00533 ) BRCA1 C Terminus (BRCT) domain
  • ( PF01068 ) ATP dependent DNA ligase domain
  • ( PF01331 ) mRNA capping enzyme, catalytic domain
  • ( PF01779 ) Ribosomal L29e protein family
  • ( PF04675 ) DNA ligase N terminus
  • ( PF04679 ) ATP dependent DNA ligase C terminal region
  • ( TIGR00574 ) DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)
  • ( TIGR02776 ) DNA ligase D
  • ( TIGR02779 ) DNA polymerase LigD, ligase domain

Gene Expression Profile

Vegetative Cell Cycle (Zhang et al., 2023)

GeneMania

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for Tetrahymena Stock Center

Homologs

Source Identifier Score
Tetrahymena borealis EI9_04427.1 9.997093137033517e-262
Description: DNA ligase IV (1028 aa)
Oxytricha Contig17485.0.g101 6.001048086731027e-152
Description: ATP dependent DNA ligase domain
DictyBase DDB_G0292760 9.995094197784295e-101
Description: lig4 on chromosome: 6 position 2052081 to 2055347
Stentor Coeruleus SteCoe_12774 1.1677812485237086e-60
Description: None
SGD YOR005C 9.998397555368434e-52
Description: DNL4 DNA ligase required for nonhomologous end-joining (NHEJ), forms stable heterodimer with required cofactor Lif1p, interacts with Nej1p; involved in meiosis, not essential for vegetative growth
WormBase WBGene00002985 2.0003218023735366e-33
Description: locus:lig-1 DNA ligase 1 status:Partially_confirmed UniProt:Q27474 protein_id:CAA98242.2

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

No Data fetched for Associated Literature

Sequences

>TTHERM_00387050(coding)
ATGCAAAACTATTATAAATGGCATAAGATAAAATAAGAATAAAATCAAGAATTGTCTGTT
AATATAAAGCCAATTTCTTCATCAAAGATGAAACAAAGTGATATTTCTACTAGGAAGAAA
AAAGCTTAAGAGTATAATATGGATTTTGATGAATTTTAGCAAGAGGATTCTAAAATTAAC
TAAAATTCTGATAATTTTCACTTTGGTGATTCAGCAGATGAATATGGTATTGATTCACCA
AAAATGAAAAGAGAAAAAGCAGTTAAAGAAGAAGATAATACCTTTCGCTTAGAAATTAAA
AAATCTCCTATCCTAGAGAAAACACTCTTTTCATTTTTAGTCAAATTTTATAATTAAGTC
TAGCAATCTAAAAAAGGGCAAAGAAAAAAATTTGTATAAAGATTCATTGACTCTACATTT
AAAACAAATAGATGTCCATCTTACACATTTACTATCCTTAGGTTAATAATGCCTCATCAT
GATAAATAACGTCTTAATTATGGCTTAAACTATAAAAATTTAGCTAAAGTTTTAAGCGAA
GTGTTTGCCTTATCAGAAGATAAACGTCAATAGCTTTTGAATTATAAAAGACCTTTAAAA
GACAACTAGCAAGTAGTTGGTGATTTTGGTGAAGTTGTATAAAATGTTTTGTAAGCATTT
ACTTAGAAAGCCACACTAACAATCAACGATGTGGATAGATGTCTTGATGAGCTTGCATAA
CCTCAAAATAGAGATCTAGCATCCAAAGAAAAAGTTTTAAGAAACTGCTTGAAGAATGCA
ACATCAGAAGAAATAAAATGGATTTCACGTTTGATCTTAAAGGACCTTAATCTTGGTATT
AATCACGAAATAATACTTGCACTTTTTCATCCTGATGCAGTAGTATTATTTAATTCTACT
TCTAGTCTTTGGGAGGTTTGCAAGGAATTTGTAGATCCAAATCATAAATTATCTAATGTC
CTTAGGCTATTTCATCCTATAAAACCTATGCTTGCAGGACGTAAGACTCTCAAAAGTATT
GAAGCTATTCTTAAAGGTAAAAACTATTTAGTTGAAACAAAATTTGATGGGGAGAGAATT
TAGTGTCATGTATCTCCTGAATCTTTAATGTTTTTCACTAGAAACTCAAACAATTATACA
AATATTTATGAAAGAATGATAGAGCATGTTAGAAGAAGTTTAAAAGATGCTGTTCATAGT
TGTATTTTAGATGGAGAAATGGTTGTAGTAAATAAAATAACAGGATAAAGAGTTTAATTT
GGTCTTAATAAAACTGTTGCAATGGAAAGAGAGGATGATGAATTATGTATATGTTATAAA
ATTTTTGACATTTTATATTTGAAGACTAAAGATAATAAAGAATATGCACTGACAGAATAC
ACATTGCAATATAGAAAAAAAATTTTAGAAAATTTAATTGACAATCAATAAGACAGAGTT
GAAGTTATTTTTGGTAGAGAATACTCAGATATAAATGACATACTGACTGAATTTAATGAG
GCAATACATAGAAACGATGAAGGTATAGTCATAAAGCAGCTCGATACTCTGTATTACCCA
GATGATAGATCTGATAAGTGGATTAAAATGAAAGGTGACTACTATGAAGGAATAATAGAT
ACCTTAGATTTGATAGTTATTGGAGGATATTTTGGTGAAAAGTCTTATAAAATTAATGGC
ATAGGAGATTGGACAGATCATATCACACATTATCTTGTTGCTGTAGCGAAAAAGATTGAT
CTACAAAACCCCTCTAACTCTATACTTGTGCCTTTTGCTAAAGTGGGAGCAGGTTTTACA
GCTAGAGACTATGCTGATATAAAAGCTAGAATGAGAGATCAATGGGTAAGAACTAATCAT
TCAAATAAAACGCCTTCTTTCATCATATAAAACTGGAAACCTGGAGAAAAAGATAAGCCA
GATGCATATATTTTATCTCCTCAAAACTCTCTTATTTTAGAGATTAGGGCAACTGAAATT
ATATAATCTTCTTAATATCCGACCAACTACACCTTAAGATTTCCGAGATTTGAAAAATTT
AGAAGAGATAAAGATTGGTTTGATTGCATGAAATTTAATGAAATTATAGAAATGACTTAA
AATTTAAAGAAAAAAGAATAAAAAGAGAGTGACAAAGAAGATAATGCAAGCGATGAAGAG
TAGGACGAAAATGGAGGAAAATTAAAGAAAAAAAGAAAAGGGTAAAATGGAGAAGAGATA
GAAGTAAATAGACAAGGTAGAAAGCCAAACTGGAAGACCAATAAAGTTATGGCTCAATAT
CTTGATATTGATGTTTCTGATGTCAAAGTAGAATCAAATATATTTAATAACTTTGTATTT
AATATAATTAATTTACCTCATGAAGTATCCTTGAGTGAGGAAAAGATATTGTTAGAGAAA
GCCTAGATTGAAAAAGGTATAGTTGCTAATGGTGGTAAAAAAGTATAAAATGATAGCAAT
CTTGTAACTCATTACATAGCTTCACATTATGATTTTAAAGTTTAAGTAATTGGTGATCAC
TATAAAGTAAATGTTCTATCCTTATAATGGGTAAAAGACTGTATCAAAAAAAAAACTTTA
TTAGATTACTCTCCCCGCTACATTATATATGGTTAAGATTAATTGCTTGAGAGAAATAAA
TTGCTTTATGATTAATATGGAGATTCTTATTACAAAGATGTTGATGAAGATGAGTTATTG
GATATTTTAAAATCTATGAAAATTGATTAAATAGAAGAAGAATTCTAGGAGAATGAAGAG
TTTGAAGAGGCTGTTAAAGATATTATTTCCATGAAAAACCAACTTTTCAAAGAATGTTTT
CCGTAAGGATAAACTTATTGCTTTTATAATGCAAATGATAAATTGAATTCAGATATAGAC
TTAAGATATTTAGTTGATCTAATTTAATTTAGTGGAAATTAAGTTGTATTTGACTTATAG
GACGAAATTGATTACATAGTGGCTTTAGATTATAGTGAAGCTGAAAACGAAAAAATTATT
ACCTTCAGAGAAAAAAACAGAAGTATGGAAGTTATAACTCCTAAAAACTTGTTGAATAAT
TTTGGAATAGCTCTAGAATGA


>TTHERM_00387050(gene)
ATGCAAAACTATTATAAATGGCATAAGATAAAATAAGAATAAAATCAAGAATTGTCTGTT
AATATAAAGCCAATTTCTTCATCAAAGATGAAACAAAGTGATATTTCTACTAGGAAGAAA
AAAGCTTAAGAGTATAATATGGATTTTGATGAATTTTAGCAAGAGGATTCTAAAATTAAC
TAAAATTCTGATAATTTTCACTTTGGTGATTCAGCAGATGAATATGGTATTGATTCACCA
AAAATGAAAAGAGAAAAAGCAGTTAAAGAAGAAGATAATACCTTTCGCTTAGAAATTAAA
AAATCTCCTATCCTAGAGAAAACACTCTTTTCATTTTTAGTCAAATTTTATAATTAAGTC
TAGCAATCTAAAAAAGGGCAAAGAAAAAAATTTGTATAAAGATTCATTGACTCTACATTT
AAAACAAATAGATGTCCATCTTACACATTTACTATCCTTAGGTTAATAATGCCTCATCAT
GATAAATAACGTCTTAATTATGGCTTAAACTATAAAAATTTAGCTAAAGTTTTAAGCGAA
GTGTTTGCCTTATCAGAAGATAAACGTCAATAGCTTTTGAATTATAAAAGACCTTTAAAA
GACAACTAGCAAGTAGTTGGTGATTTTGGTGAAGTTGTATAAAATGTTTTGTAAGCATTT
ACTTAGAAAGCCACACTAACAATCAACGATGTGGATAGATGTCTTGATGAGCTTGCATAA
CCTCAAAATAGAGATCTAGCATCCAAAGAAAAAGTTTTAAGAAACTGCTTGAAGAATGCA
ACATCAGAAGAAATAAAATGGATTTCACGGTAATTTAATTTATTTTAATTAATATTAAAT
AAAAATCTATAAAAGTTTGATCTTAAAGGACCTTAATCTTGGTATTAATCACGAAATAAT
ACTTGCACTTTTTCATCCTGATGCAGTAGTATTATTTAATTCTACTTCTAGTCTTTGGGA
GGTTTGCAAGGAATTTGTAGATCCAAATCATAAATTATCTAATGTCCTTAGGCTATTTCA
TCCTATAAAACCTATGCTTGCAGGACGTAAGACTCTCAAAAGTATTGAAGCTATTCTTAA
AGGTAAGTAAAATATTAATTAATTTGAAACATTTAACATCCTTTTTACTTTTTTTTATAC
AGGTAAAAACTATTTAGTTGAAACAAAATTTGATGGGGAGAGAATTTAGTGTCATGTATC
TCCTGAATCTTTAATGTAAAAAAATTTTTTTTATATTTTTTTTGGTTTAACTTAATAATA
AAAATAGGTTTTTCACTAGAAACTCAAACAATTATACAAATATTTATGAAAGAATGATAG
AGCATGTTAGAAGAAGTTTAAAAGATGCTGTTCATAGTTGTATTTTAGATGGAGAAATGG
TTGTAGTAAATAAAATAACAGGATAAAGAGTTTAATTTGGTCTTAATAAAACTGTTGCAA
TGGAAAGAGAGGATGATGAATTATGTATATGTTATAAAATTTTTGACATTTTATATTTGA
AGACTAAAGATAATAAAGAATATGCACTGACAGAATACACATTGCAATATAGAAAAAAAA
TTTTAGAAAATTTAATTGACAATCAATAAGACAGAGTTGAAGTTATTTTTGGTAGAGAAT
ACTCAGATATAAATGACATACTGACTGAATTTAATGAGGCAATACATAGAAACGATGAAG
GTATAGTCATAAAGCAGCTCGATACTCTGTATTACCCAGATGATAGATCTGATAAGTGGA
TTAAAATGAAAGGTGACTACTATGAAGGAATAATAGATACCTTAGATTTGATAGTTATTG
GAGGATATTTTGGTGAAAAGTCTTATAAAATTAATGGCATAGGAGATTGGACAGATCATA
TCACACATTATCTTGTTGCTGTAGCGAAAAAGATTGATCTACAAAACCCCTCTAACTCTA
TACTTGTGCCTTTTGCTAAAGTGGGAGCAGGTTTTACAGCTAGAGACTATGCTGATATAA
AAGCTAGAATGAGAGATCAATGGGTAAGAACTAATCATTCAAATAAAACGCCTTCTTTCA
TCATATAAAACTGGAAACCTGGAGAAAAAGTAAGTTATTTAGAAAAATAATGACTTTTTA
AAAAAATAAAATTTAAGGATAAGCCAGATGCATATATTTTATCTCCTCAAAACTCTCTTA
TTTTAGAGATTAGGGCAACTGAAATTATATAATCTTCTTAATATCCGACCAACTACACCT
TAAGGTATTTATCTATTTTTAAAATACAATTTAAATGAAGTTTTGTAATATCCTAAATTA
AATTTTAGATTTCCGAGATTTGAAAAATTTAGAAGAGATAAAGATTGGTTTGATTGCATG
AAATTTAATGAAATTATAGAAATGACTTAAAATTTAAAGAAAAAAGAATAAAAAGAGAGT
GACAAAGAAGATAATGCAAGCGATGAAGAGTAGGACGAAAATGGAGGAAAATTAAAGAAA
AAAAGAAAAGGGTAAAATGGAGAAGAGATAGAAGTAAATAGACAAGGTAGAAAGCCAAAC
TGGAAGACCAATAAAGTTATGGCTCAATATCTTGATATTGATGTTTCTGATGTCAAAGTA
GAATCAAATATATTTAATAACTTTGTATTTAATATAATTAATTTACCTCATGAAGTATCC
TTGAGTGAGGAAAAGATATTGTTAGAGAAAGCCTAGATTGAAAAAGGTATAGTTGCTAAT
GGTGGTAAAAAAGTATAAAATGATAGCAATCTTGTAACTCATTACATAGCTTCACATTAT
GATTTTAAAGTTTAAGTAATTGGTGATCACTATAAAGTAAATGTTCTATCCTTATAATGG
GTAAAAGACTGTATCAAAAAAAAAACTTTATTAGATTACTCTCCCCGCTACATTATATAT
GGTTAAGATTAATTGCTTGAGAGAAATAAATTGCTTTATGATTAATATGGAGATTCTTAT
TACAAAGATGTTGATGAAGATGAGTTATTGGATATTTTAAAATCTATGAAAATTGATTAA
ATAGAAGAAGAATTCTAGGAGAATGAAGAGTTTGAAGAGGCTGTTAAAGATATTATTTCC
ATGAAAAACCAACTTTTCAAAGAATGTTTTCCGTAAGGATAAACTTATTGCTTTTATAAT
GCAAATGATAAATTGAATTCAGATATAGACTTAAGATATTTAGTTGATCTAATTTAATTT
AGTGGAAATTAAGTTGTATTTGACTTATAGGACGAAATTGATTACATAGTGGCTTTAGAT
TATAGTGAAGCTGAAAACGAAAAAATTATTACCTTCAGAGAAAAAAACAGAAGTATGGAA
GTTATAACTCCTAAAAACTTGTTGAATAATTTTGGAATAGCTCTAGAATGA


>TTHERM_00387050(protein)
MQNYYKWHKIKQEQNQELSVNIKPISSSKMKQSDISTRKKKAQEYNMDFDEFQQEDSKIN
QNSDNFHFGDSADEYGIDSPKMKREKAVKEEDNTFRLEIKKSPILEKTLFSFLVKFYNQV
QQSKKGQRKKFVQRFIDSTFKTNRCPSYTFTILRLIMPHHDKQRLNYGLNYKNLAKVLSE
VFALSEDKRQQLLNYKRPLKDNQQVVGDFGEVVQNVLQAFTQKATLTINDVDRCLDELAQ
PQNRDLASKEKVLRNCLKNATSEEIKWISRLILKDLNLGINHEIILALFHPDAVVLFNST
SSLWEVCKEFVDPNHKLSNVLRLFHPIKPMLAGRKTLKSIEAILKGKNYLVETKFDGERI
QCHVSPESLMFFTRNSNNYTNIYERMIEHVRRSLKDAVHSCILDGEMVVVNKITGQRVQF
GLNKTVAMEREDDELCICYKIFDILYLKTKDNKEYALTEYTLQYRKKILENLIDNQQDRV
EVIFGREYSDINDILTEFNEAIHRNDEGIVIKQLDTLYYPDDRSDKWIKMKGDYYEGIID
TLDLIVIGGYFGEKSYKINGIGDWTDHITHYLVAVAKKIDLQNPSNSILVPFAKVGAGFT
ARDYADIKARMRDQWVRTNHSNKTPSFIIQNWKPGEKDKPDAYILSPQNSLILEIRATEI
IQSSQYPTNYTLRFPRFEKFRRDKDWFDCMKFNEIIEMTQNLKKKEQKESDKEDNASDEE
QDENGGKLKKKRKGQNGEEIEVNRQGRKPNWKTNKVMAQYLDIDVSDVKVESNIFNNFVF
NIINLPHEVSLSEEKILLEKAQIEKGIVANGGKKVQNDSNLVTHYIASHYDFKVQVIGDH
YKVNVLSLQWVKDCIKKKTLLDYSPRYIIYGQDQLLERNKLLYDQYGDSYYKDVDEDELL
DILKSMKIDQIEEEFQENEEFEEAVKDIISMKNQLFKECFPQGQTYCFYNANDKLNSDID
LRYLVDLIQFSGNQVVFDLQDEIDYIVALDYSEAENEKIITFREKNRSMEVITPKNLLNN
FGIALE