Identifiers and Description

Gene Model Identifier

TTHERM_00420480

Standard Name

RAD16 (helicase and ATPase activities; SNF2 ATPase with E3 Ubiquitin ligase RING domain)

Aliases

PreTt07173 | 46.m00228 | 3679.m00078 | HLTF1 | RAD5L1

Description

RAD16 SNF2 family amine-terminal domain protein; SNF2 family N-terminal domain containing protein with a E3 Ubiquitin Ligase RING domain. Putative homolog to RAD16/RAD5 family of proteins

Genome Browser (Macronucleus)

Full Screen View


Genome Browser (Micronucleus)

Full Screen View

Gene Ontology Annotations

Molecular Function

Biological Process

Domains

  • ( PF00097 ) zinc finger, C3HC4 type (RING
  • ( PF00176 ) SNF2 family N-terminal domain
  • ( PF00270 ) DEAD/DEAH box helicase
  • ( PF00271 ) Helicase conserved C-terminal domain
  • ( PF00399 ) Yeast PIR protein repeat
  • ( PF02891 ) MIZ/SP-RING zinc finger
  • ( PF02958 ) Domain of unknown function (DUF227)
  • ( PF04851 ) type III restriction enzyme, res
  • ( PF06467 ) MYM-type Zinc finger
  • ( PF07196 ) Flagellin hook IN motif
  • ( PF07754 ) Domain of unknown function (DUF1610)

Gene Expression Profile

Tetrahymena Stock Center

No Data fetched for Tetrahymena Stock Center

Homologs

Source Identifier Score
Tetrahymena borealis EI9_11022.1 9.997093137033517e-262
Description: hypothetical protein (1269 aa)
SGD YLR032W 7.000846320060671e-65
Description: RAD5 DNA helicase proposed to promote replication fork regression during postreplication repair by template switching; RING finger containing ubiquitin ligase; stimulates the synthesis of free and PCNA-bound polyubiquitin chains by Ubc13p-Mms2p
Stentor Coeruleus SteCoe_19683 1.6889118802245324e-48
Description: None
WormBase WBGene00020742 5.001052752541194e-37
Description: status:Partially_confirmed UniProt:P91494 protein_id:CCD70774.1
DictyBase DDB_G0282115 2.998577119979921e-31
Description: DDB_G0282115 on chromosome: 3 position 5399711 to 5404710
Oxytricha Contig21260.0.g59 9.995528898049344e-31
Description: SNF2 family N-terminal domain

General Information

No Data fetched for General Information

Associated Literature

  1. Ref:23884606: Gao S, Xiong J, Zhang C, Berquist BR, Yang R, Zhao M, Molascon AJ, Kwiatkowski SY, Yuan D, Qin Z, Wen J, Kapler GM, Andrews PC, Miao W, Liu Y (2013) Impaired replication elongation in Tetrahymena mutants deficient in histone H3 Lys 27 monomethylation. Genes & development 27(15):1662-79

Sequences 

>TTHERM_00420480(coding)
ATGAATTTGAAAGCCAGTTCAGTTAACCTTATAAAAAATGTAATTATTTTATTTATCTTT
GGTATTTACTTAAAAATTTCATTAAAAGTTAAAAGCAATAATCAAAGTGAAAATAACCAT
TTGCATTCTGACCAATACTAGGAAGATGAAACTTATTAAATTCTCACCAACCCATTCTAA
TATTAAATATAAATGAGCAGCTAAAATTATTAAAATTATAACAATAACCCTTCTTATCAG
CCTCTCTAAATAGAATATGCTAATTAGAATTATGATTACTAACTAGAATCATTCTAACAG
GATTGTAATATGACAAATTATTTTTAAACTGAGTAAGATAACAGGAATTAACATTCTCAA
GATCAATTCAGAAATGATTTTAAAAATTAAAATTATTTTGAACCAAACTAATGCGATGTT
GATAATTAAGAATTTAAATTTTAAGTAGATCGTCTTTAATCCTCTGGTGAATTTTTTAAA
TGCTTAGATTTCCTTGCCATAAAAAATTATGATAAATTCTAAGATTAATATCAATATTTA
GGCGCCTTGTAAACGACATTATCTACTGATTTGAAAAAATTCGATTTTATTAACCCTAAT
TAAGTCTACTAAGGAAAGATATAACCTGGAAAGATTTTAAAAATTTCTTGGTAGAATTAC
TCATCAAAAAAATATCTTGATTTTTATGAACTCCACGAAGAAATGAACACACTTGTTTTA
CATAATAACTAATACATTGGGTATATTGATCATACATATTCTTTCATTTGGGGTTACTTG
CTAAATAATAAAATTGTTAACATTTATCCTTATTTTTTCTCGAAAGAAGGCAACAAGATT
CACATACTTTTGGAAGTTTACATTAATCCAAAATTTTTAAAGGCTCCTTTTGACTAAAAT
AATAACTAATAATACAGTTTTAATAAATGTATTAAATATATTGATCAAGTCGCTCTTAAA
ATCTTATTAAATATTTTGAGACTATAAATAACATCTCCCTCTTTAATTGAAAGAGATTTA
TAAAAATATTTTTAAAAATTCAATATATTAAGAAATCAAGTATTTCCAAAAGTATTGATT
TCTTGCAAAAAAACATTTAACTATTATAAAACCTAATTACAAAATTTTCCAAATCATTTT
GTTGATTTTTATTCACAAGTCAATAAAGAAATTGAGATGCTCAAATCTTAAAAGCATTTT
AAATAAATACATTTCACAGAGCCAATATAAGCTAATATTAACTATCCTAGTAAAATGCAA
AATATATACTATTGTAAGAAATAAAACCAAAAAGATTTCATAAAAAATATCAATAATGTA
GTAATTATTTCAGCAGAAAAAAGTAGTTAAGAAGATTCCATAGATAATGAAAATTCTTAT
AGGTTTTATTAGTAAGCTTAATAACCTTCAGATGTCGTTTCGAATCTTCATCCCTATCAA
CTTTAAGGTCTTTAATGGCTTCTTTACAGAGAAAGGAGAGTTGATAATTTATATATTCCT
ACTATGAGAAATTAATTATAAGATTAGAAAACCAAAATCGATATAGATTATGAAGAGATT
GAATTAGTTGGTGGTTAAAAGATTTACAGAAATATTATAAATAACAAATTCTAATATGAA
TTTCCTGAATAATAAGATATATTTGGAGGTATTTTGGCAGATGAAATGGGATTAGGAAAA
ACCCTTACAATTATTTCTTTAATTCACGAAACAAAAAAAGAAAGAACTTCTAAATACGGA
ACCTTAATTATTACACCATCAAATCTAGTGAATTAATGGGAAAATTAATTTAAAAATCAT
TCTAAAGCAGATTCAATTTCTATTCTGAACTTGCAATAAAAAAATAACAGATCTAAAAGT
TTTGAAGATTATGATGTAGTTATTTGTTCATATAACATTATTTGTATGTTATTTGAGAGC
TATGATTTAAGTGATAAAATATTCAATTAATAATGGGAGAGAATTATCCTAGACGAAGCC
CAAAAAATTAAAAATAAACAATCTAAAGTTTCTGAAGCATGTTTCGAAATTTAATCAAAA
TACAAATGGTGCTTAACAGGTACTCCTCTAGAAAACAGCATAGATGATATTTATAGCTTG
ATCCGTTTTTTAAACATACCTAAATACAGTGACTGGAATTGGTGGCGCTAAAATGTAAAA
AATACTAAAAATTAAGAGTAAAAGAGCAACTCTTTCAAAATTATTAACCAAATAATTGAA
AATTTAACTTTGAGAAGGACTAAAAAAAGTTAGTATGCTAACGGTGAAAGTATAACTTCA
ATACCTGAAAAGCAAATTTAAAATATTTATATTGATCTTTTTGACAATGAGAAAAACATC
TACGATAAAATCTTCTAAAAAACTTAGCAAGTCTATAAATTCTTTAAATAAAATTCAAAC
AAAAAAGATAAAAATTATATGCATGTCTTTGAAGTTCTAACTAAGTTGAGAAGGTTCTGT
GTTCACCCTAGTCTTACTTTTAAAATAGAAGAAGAGGCCATTTAAGTAAGCGAAAATAGC
ACTAATGATATTATTTCTAAAATCAACTCATTCTTGAATGAAATTTAATCAAAAATTTAA
TAATAAAATAAAAATAATAAAGAATCTAATTAAAATAATGATGAAAAAAACTAAGAACCA
TAAAATAATATATCTTAATATTAAAAAGAAGTCATTCAGCAAATAAAAGATGGATAATTT
TAAGTTTGTAGTGTTTGCCTTGAAGATATAAAATATCACTCTATAAGTTCTTGTCTTCAC
GTATTTTGCTCATCATGCTTAGAATAAAGTATCCAAACTAATCATAAGTGCCCTCTTTGC
CGTAAACATTTAAGTATGAGCGATATGCTGGATTTTGTTGATGAAGGAGCAGTAATTCAT
TAATAATTGAGTCATTATTTAAATGATGAAATTATCAGTGGATCTAAGATTTAAAAGACT
GTTGAAATCATAGAAGAAATCCATAAAAAGGGAGAAAAAGTTATAGTATTTTCATAATGG
ATAGACACTTTGAATTTATTAGAGAAGCATCTCTAAAAAAAGCAAATTTCTTTTATGAGA
TTCGAAGGTAAATTAACTAAATCTCAAAAGTAAAAGTCTCTATATCATTTTGAAAATCAA
ACAACTAATGCTGACTTGTTACAAGCATCTACTTTAAAAGAAGATAGTAGCTAACAAGAA
TAAACCATGGGATAAGAAGAATAATATGATAATTCTAATTAAAATTAAGAGAATACATCA
TAAACTCCTACTGTACTTTTAGCTTCGCTTATGAGTGGATATGTTGGACTTAACTTGACA
GGAGCTAACAATTTAATATTATGTGATAGCTGGTGGAATCCTGCTGTTGAAGACTAAGCA
ATAAATAGAATTCATAGGTTAGGCTAATAGAAGCAAACTTATATCTATAAAATGATTTGT
AAAGATACAATAGAAGAAAAGATTTAACAAATCAATGATTAAAAAAGAGATATTTTCCAA
ACAATTTTCAATTCTTCTGAACAAAATAAAAATAAAAAAGCAAAAGAATTCTTATAACAG
ATATTGAATTGA


>TTHERM_00420480(gene)
ATGAATTTGAAAGCCAGTTCAGTTAACCTTATAAAAAATGTAATTATTTTATTTATCTTT
GGTATTTACTTAAAAATTTCATTAAAAGTTAAAAGCAATAATCAAAGTGAAAATAACCAT
TTGCATTCTGACCAATACTAGGAAGATGAAACTTATTAAATTCTCACCAACCCATTCTAA
TATTAAATATAAATGAGCAGCTAAAATTATTAAAATTATAACAATAACCCTTCTTATCAG
CCTCTCTAAATAGAATATGCTAATTAGAATTATGATTACTAACTAGAATCATTGTAAAAT
TTTTTGAATATTAAATAAATTCTAATTTATTCAATAAAGCTAACAGGATTGTAATATGAC
AAATTATTTTTAAACTGAGTAAGATAAGTAAATATATTTATTTAAATTTTATTTAAAATA
TTTATTTTTTTTATTTTTCTATTAGCAGGAATTAACATTCTCAAGATCAATTCAGAAATG
ATTTTAAAAATTAAAATTATTTTGAACCAAACTAATGCGATGTTGATAATTAAGAATTTA
AATTTTAAGTAGATCGTCTTTAATCCTCTGGTGAATTTTTTAAATGCTTAGATTTCCTTG
CCATAAAAAATTATGATAAATTCTAAGATTAATATCAATATTTAGGCGCCTTGTAAACGA
CATTATCTACTGATTTGAAAAAATTCGATTTTATTAACCCTAATTAAGTCTACTAAGGAA
AGATATAACCTGGAAAGATTTTAAAAATTTCTTGGTAGAATTACTCATCAAAAAAATATC
TTGATTTTTATGAACTCCACGAAGAAATGAACACACTTGTTTTACATAATAACTAATACG
TAATTTATATTTTAATTTTTTAACATTTTTAAAATAATTTATAAATATATTTAGATTGGG
TATATTGATCATACATATTCTTTCATTTGGGGTTACTTGCTAAATAATAAAATTGTTAAC
ATTTATCCTTATTTTTTCTCGAAAGAAGGCAACAAGATTCACATACTTTTGGAAGTTTAC
ATTAATCCAAAATTTTTAAAGGCTCCTTTTGACTAAAATAATAACTAATAATACAGTTTT
AATAAATGTATTAAATATATTGATCAAGTCGCTCTTAAAATCTTATTAAATATTTTGAGA
CTATAAATAACATCTCCCTCTTTAATTGAAAGAGATTTATAAAAATATTTTTAAAAATTC
AATATATTAAGAAATCAAGTATTTCCAAAAGTATTGATTTCTTGCAAAAAAACATTTAAC
TATTATAAAACCTAATTACAAAATTTTCCAAATCATTTTGTTGATTTTTATTCACAAGTC
AATAAAGAAATTGAGATGCTCAAATCTTAAAAGCATTTTAAATAAATACATTTCACAGAG
CCAATATAAGCTAATATTAACTATCCTAGTAAAATGCAAAATATATACTATTGTAAGAAA
TAAAACCAAAAAGATTTCATAAAAAATATCAATAATGTAGTAATTATTTCAGCAGAAAAA
AGTAGTTAAGAAGATTCCATAGATAATGAAAATTCTTATAGGTTTTATTAGTAAGCTTAA
TAACCTTCAGATGTCGTTTCGAATCTTCATCCCTATCAACTTTAAGGTCTTTAATGGCTT
CTTTACAGAGAAAGGAGAGTTGATAATTTATATATTCCTACTATGAGAAATTAATTATAA
GATTAGAAAACCAAAATCGATATAGATTATGAAGAGATTGAATTAGTTGGTGGTTAAAAG
ATTTACAGAAATATTATAAATAACAAATTCTAATATGAATTTCCTGAAGTAAATATTTTT
TTAATAATTAATATAAAACTTAAACACTCATTTTTCAAAGTAATAAGATATATTTGGAGG
TATTTTGGCAGATGAAATGGGATTAGGAAAAACCCTTACAATTATTTCTTTAATTCACGA
AACAAAAAAAGAAAGAACTTCTAAATACGGAACCTTAATTATTACACCATCAAATCTAGT
GAATTAATGGGAAAATTAATTTAAAAATCATTCTAAAGCAGATTCAATTTCTATTCTGAA
CTTGCAATAAAAAAATAACAGATCTAAAAGTTTTGAAGATTATGATGTAGTTATTTGTTC
ATATAACATTATTTGTATGTTATTTGAGAGCTATGATTTAAGTGATAAAATATTCAATTA
ATAATGGGAGAGAATTATCCTAGACGAAGCCCAAAAAATTAAAAATAAACAATCTAAAGT
TTCTGAAGCATGTTTCGAAATTTAATCAAAATACAAATGGTGCTTAACAGGTACTCCTCT
AGAAAACAGCATAGATGTAAAAATATAATTAAAAATATTTAAATTTTTTTGATCTGTAAA
ATTTATTTTATTAAAAAATATTTTTGCAAATAAAAATAGGATATTTATAGCTTGATCCGT
TTTTTAAACATACCTAAATACAGTGACTGGAATTGGTGGCGCTAAAATGTAAAAAATACT
AAAAATTAAGAGTAAAAGAGCAACTCTTTCAAAATTATTAACCAAATAATTGAAAATTTA
ACTTTGAGAAGGACTAAAAAAAGTTAGTATGCTAACGGTGAAAGTATAACTTCAATACCT
GAAAAGCAAATTTAAAATATTTATATTGATCTTTTTGACAATGAGAAAAACATCTACGAT
AAAATCTTCTAAAAAACTTAGCAAGTCTATAAATTCTTTAAATAAAATTCAAACAAAAAA
GATAAAAATTATATGCATGTCTTTGAAGTTCTAACTAAGTTGAGAAGGTTCTGTGTTCAC
CCTAGTCTTACTTTTAAAATAGAAGAAGAGGCCATTTAAGTAAGCGAAAATAGCACTAAT
GATATTATTTCTAAAATCAACTCATTCTTGAATGAAATTTAATCAAAAATTTAATAATAA
AATAAAAATAATAAAGAATCTAATTAAAATAATGATGAAAAAAACTAAGAACCATAAAAT
AATATATCTTAATATTAAAAAGAAGTCATTCAGCAAATAAAAGATGGATAATTTTAAGTT
TGTAGTGTTTGCCTTGAAGATATAAAATATCACTCTATAAGTTCTTGTCTTCACGTATTT
TGCTCATCATGCTTAGAATAAAGTATCCAAACTAATCATAAGTGCCCTCTTTGCCGTAAA
CATTTAAGTATGAGCGATATGCTGGATTTTGTTGATGAAGGAGCAGTAATTCATTAATAA
TTGAGTCATTATTTAAATGATGAAATTATCAGTGGATCTAAGATTTAAAAGACTGTTGAA
ATCATAGAAGAAATCCATAAAAAGGGAGAAAAAGTTATAGTATTTTCATAATGGATAGAC
ACTTTGAATTTATTAGAGAAGCATCTCTAAAAAAAGCAAATTTCTTTTATGGTAATTATT
TAAATGATATATTTTTAGATAACCTTTTAATAACTTTTTTTATTTTTTATATTAGAGATT
CGAAGGTAAATTAACTAAATCTCAAAAGTAAAAGTCTCTATATCATTTTGAAAATCAAAC
AACTAATGCTGACTTGTTACAAGCATCTACTTTAAAAGAAGATAGTAGCTAACAAGAATA
AACCATGGGATAAGAAGAATAATATGATAATTCTAATTAAAATTAAGAGAATACATCATA
AACTCCTACTGTACTTTTAGCTTCGCTTATGAGTGGATATGTTGGACTTAACTTGACAGG
AGCTAACAATTTAATATTATGTGATAGCTGGTGGAATCCTGCTGTTGAAGACTAAGCAAT
AAATAGAATTCATAGGTTAGGCTAATAGAAGCAAACTTATATCTATAAAATGATTTGTAA
AGATACAATAGAAGAAAAGATTTAACAAATCAATGATTAAAAAAGAGATATTTTCCAAAC
AATTTTCAATTCTTCTGAACAAAATAAAAATAAAAAAGCAAAAGAATTCTTATAACAGAT
ATTGAATTGA


>TTHERM_00420480(protein)
MNLKASSVNLIKNVIILFIFGIYLKISLKVKSNNQSENNHLHSDQYQEDETYQILTNPFQ
YQIQMSSQNYQNYNNNPSYQPLQIEYANQNYDYQLESFQQDCNMTNYFQTEQDNRNQHSQ
DQFRNDFKNQNYFEPNQCDVDNQEFKFQVDRLQSSGEFFKCLDFLAIKNYDKFQDQYQYL
GALQTTLSTDLKKFDFINPNQVYQGKIQPGKILKISWQNYSSKKYLDFYELHEEMNTLVL
HNNQYIGYIDHTYSFIWGYLLNNKIVNIYPYFFSKEGNKIHILLEVYINPKFLKAPFDQN
NNQQYSFNKCIKYIDQVALKILLNILRLQITSPSLIERDLQKYFQKFNILRNQVFPKVLI
SCKKTFNYYKTQLQNFPNHFVDFYSQVNKEIEMLKSQKHFKQIHFTEPIQANINYPSKMQ
NIYYCKKQNQKDFIKNINNVVIISAEKSSQEDSIDNENSYRFYQQAQQPSDVVSNLHPYQ
LQGLQWLLYRERRVDNLYIPTMRNQLQDQKTKIDIDYEEIELVGGQKIYRNIINNKFQYE
FPEQQDIFGGILADEMGLGKTLTIISLIHETKKERTSKYGTLIITPSNLVNQWENQFKNH
SKADSISILNLQQKNNRSKSFEDYDVVICSYNIICMLFESYDLSDKIFNQQWERIILDEA
QKIKNKQSKVSEACFEIQSKYKWCLTGTPLENSIDDIYSLIRFLNIPKYSDWNWWRQNVK
NTKNQEQKSNSFKIINQIIENLTLRRTKKSQYANGESITSIPEKQIQNIYIDLFDNEKNI
YDKIFQKTQQVYKFFKQNSNKKDKNYMHVFEVLTKLRRFCVHPSLTFKIEEEAIQVSENS
TNDIISKINSFLNEIQSKIQQQNKNNKESNQNNDEKNQEPQNNISQYQKEVIQQIKDGQF
QVCSVCLEDIKYHSISSCLHVFCSSCLEQSIQTNHKCPLCRKHLSMSDMLDFVDEGAVIH
QQLSHYLNDEIISGSKIQKTVEIIEEIHKKGEKVIVFSQWIDTLNLLEKHLQKKQISFMR
FEGKLTKSQKQKSLYHFENQTTNADLLQASTLKEDSSQQEQTMGQEEQYDNSNQNQENTS
QTPTVLLASLMSGYVGLNLTGANNLILCDSWWNPAVEDQAINRIHRLGQQKQTYIYKMIC
KDTIEEKIQQINDQKRDIFQTIFNSSEQNKNKKAKEFLQQILN