Identifiers and Description
Gene Model Identifier
TTHERM_00538940Standard Name
RPB1 (RNA polymerase II largest subunit)Aliases
PreTt12151 | 70.m00147 | 3728.m00046Description
RPB1 DNA-directed RNA polymerase; Largest subunit of RNA polymerase IIGenome Browser (Macronucleus)
Genome Browser (Micronucleus)
External Links
Gene Ontology Annotations
Molecular Function
- DNA binding (IEA) | GO:0003677
- DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity (IEA) | GO:0003899
Biological Process
- transcription (IEA) | GO:0006350
Domains
- ( PF00623 ) RNA polymerase Rpb1, domain 2
- ( PF02948 ) Amelogenin
- ( PF03478 ) Domain of unknown function (DUF295)
- ( PF04983 ) RNA polymerase Rpb1, domain 3
- ( PF04992 ) RNA polymerase Rpb1, domain 6
- ( PF04997 ) RNA polymerase Rpb1, domain 1
- ( PF04998 ) RNA polymerase Rpb1, domain 5
- ( PF05000 ) RNA polymerase Rpb1, domain 4
- ( PF08265 ) YL1 nuclear protein C-terminal domain
- ( TIGR00071 ) tRNA pseudouridine synthase A
- ( TIGR01612 ) rhoptry protein
- ( TIGR02386 ) DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit
- ( TIGR02389 ) DNA-directed RNA polymerase, subunit A''
- ( TIGR02390 ) DNA-directed RNA polymerase subunit A'
Gene Expression Profile
Vegetative Cell Cycle (Zhang et al.,
2023)
GeneMania
Tetrahymena Stock Center
No Data fetched for Tetrahymena Stock Center
Homologs
Source Identifier Score Stentor Coeruleus SteCoe_5081 0 Description: None WormBase WBGene00000123 9.997093137033517e-262 Description: locus:ama-1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 status:Partially_confirmed UniProt:P16356 protein_id:CCD69532.1 Tetrahymena borealis EI9_18204.1 9.997093137033517e-262 Description: RNA polymerase Rpb1, domain 2 family protein (1758 aa) DictyBase DDB_G0279193 9.997093137033517e-262 Description: rpb1 on chromosome: 3 position 1783778 to 1789076 Oxytricha Contig18775.0.g49 9.997093137033517e-262 Description: RNA polymerase Rpb1, domain 5 SGD YDL140C 9.997093137033517e-262 Description: RPO21 RNA polymerase II largest subunit B220, part of central core; phosphorylation of C-terminal heptapeptide repeat domain regulates association with transcription and splicing factors; similar to bacterial beta-prime
General Information
No Data fetched for General Information
Associated Literature
No Data fetched for Associated Literature
Sequences
>TTHERM_00538940(coding)
ATGAAATAGTCTGGACAAAAGTATGCTTACTCCTAGATGGAGACAGCCAAAGTTAATGGC
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ACCTCTAAGGATGCATGCAAAACTTGTAATTAAAAGAATGAATGTCCTGGTCATTTTGGT
TACATCAATCTTAGAAGGCCTATATATCATATCAATTTCATAAACACAGTCAAGCAAATT
CTTCTCTGCGTCTGTCACAAATGTGGTGCTGTAAGAGAGCCCCCTATTAAGAGAAATGAG
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AATATTTCTTAGCCTAAGAGAAGACTTAATGAATTGTATAAAATCCTTGGAAAATAATCC
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TTAAATCTTAAAGTAGCTGAAAAGTAAAGTGATAAGGATGCTATTGAGTATGATCTGAGT
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GCTTACAAAGGATAAAGAAAACATGATGACGATTTCTTGTAGCCAACTAATCTTATCTTA
ACAAAGTTGCTTGTACCTCCACCCTAAGTTCGCCCTTCTATTGAAATGTCATCTAATATG
ACCTGTCAAGATGAACTCACTAAATGCTATGAAGAAGTATTGAAGCTAAATGCATAAATT
AAAGATAATTCTGATAACAGAAAGCTGGTTGAGTAAATCTAGAGTGTTGTTGCCAGAATG
ATGGATAACGATAAACCAAGATTAGAAGCACTTAAAATTAAATCAAAGGTTGTTAAAAGT
TTTTCTTAGAGATTAAAAGGAAAAGAAGGTAGATTTAGATAAAATTTAATGGGTAAAAGA
GTAGATTTTTCTGCAAGATCTGTTATTTCCCCAGATGCAAATTTATGGTTGGATGAATTA
GGTGTTCCTAGAAGTATTGCTGACAGTTTGACTGTTCCTGAAATAGTTAACTAACAAAAT
ATAAACAGAATTCGTGAATTATGGAAGTAAGGCAAAATTAAAAGTATTATGAAACCTAAT
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GATGATAATTTTGACATGCACGTTAATGATGGTGTTATTATTGAAAGAGCCTTATAGAAT
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AGAGTTAGAATTCTTCCTTACAGTACTTTCCGTCTTAACTTATCAGTCACAACCCCTTAT
AATGCAGATTTTGACGGTGATGAAATGAATATGCATGTGCCATAATCTTATGAAACTCGT
GTTGAACTTGGTTATATTTGCCATGTTCCTAGATAAATTGTCACTCCCAAGGCTAACAAA
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AAGTTTTTAACAAGAGAATAAGTTATGAATTTAGTTATGTGGATTGACAATTGGGAAGGA
GACCTACCCATGCCTGCTATTCTTAAACCTGAACCTTTATGGACTGGTAAATAAATTATG
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AAGTGGTTCCATAAATAGGATGAATCTATTTACATCTACAAAGGTGAACTAATTTAAGGC
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GATATTGGTCATGAAGAAACTAAAAATTTCATGACTAGATGTTAGAGGGTAGTTAATAAC
TGGCTTATTATGTTTGGTCACACAATCAGTTGTGCTGATATCGTGCCTAGTGAAAAATGT
TCAGAAGAAATTGAAAAAATTAGAAAGAAAGCCTTTGAAAAATATGATAAAATTGAATTA
GATTTCTAAGATGCAGCTTATATTGATTAAAATAATATGCACAAGGCTGGTAAGAAGATT
TTTGATTCTTTCGAAGTTCAAGTTAACTCCATCTTGAATGAACTCAGACAAGAATCCGAA
AAGAAAGCAGAAGAAACAATTAAATTCAAGTACAACTAATTCAACAAGATGGTGTGGTCA
GGTTCAAAAGGTAAAGCTACTAACTTAGCCTAAGTCATGGGTCTTGTAGGTTAACAAAAT
ATTGAAGGTGCTAGAATCAGGAATGGTTTTTCAAGAAGAACTCTTCCTCATTTCTGCAAA
GATGATAATGGTATTATTGCAAGAGGTTTCGTCGTTAACAATTTCTACATAGGTTTAAAG
CCCTACGAATTCTTCTTCCACACAATGGGTGGTAGAGAAGGTCTTTCTGATACTGCAGTC
AAGACAAGTAGAACTGGTTATATTTAAAGAAAGCTTGTCAAGGCTCTTGAAGATGTCATC
GTACGTTATGATGGTACAGTTAGAGATAGTTAGGGTATGATTATTTAAACATGCTATGGT
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GAAGAAGATTTCCAAAAGGAATACAGATTTGTCAAAGCAAATAAAAGCGACGACTGGTTA
TTCCAATATACAAAATTGGACTAGATGGAAAATCAAATTAGCAAAGAAATCAGTAGAGAT
GTTTTAATTGCAATCAAGGAAGAATTTATGCGTATGATTAACGAAAGAAACGAAGGAGAA
GATCCTAAATTTATCTTAGAATAAGAGTACGAAGAACTCATCGAAGCTAGAAACCTGTTT
AGAAAGAATTTCTACTTCTACGCATAAGAAGGCAAACTTGATATTAACTTGCCAGTCAAC
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AGAGATTAATGTAAGACTAATCCTATTTAAGTTTATAAGAGTCTCTTAGAATTATTTAAG
AATCTTGATGACTATGCAGTTAAAAGAGGTATGGAGTATGAATCTTTGGCTTTGTTCAAG
GCTCATATCCGTCTCCATCTTGGTTCCAAAAAGATAGTATTAAGGCATAAGCTTTCAATG
GAAGTATTTGATAAACTCACAAAGGAAATTTTTGATAAATTTAAAAAAGCCATTTCTCAC
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CGTCTTTAGGAAATATTAGATGCTTCTAAAAATGTAAAGACACCAGAAATGACTGTCTTC
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GAAAGCTTTAAGAGAGAATATGACGAAATTGTTTCGTAGGAAAGATAGGAAATTTTAAGA
CTTAAACAAGAGATTGAATACTAAACTATTTCTTACTACATTAATCAAACCAGAATTGTT
TATAAATCTAAAGATGATGAAGACTTTTAATAACAAGATAACATTTTCGATGATGATAAT
ATTTCTGATGATCTCGAAGATCCTATTGTCCTCATTATTTATTTTGATACTTAAAAGACA
ACAATTGATACTTTTGAACTCTTGAATGCAAAAATTAGAAAAATTGCTGATGACTCTAAA
AAGTGGGGTAACCTCATAGTTGAAAAGAAATAATTTGAAAAAGGACAAATTCATGTTAAA
TTTGACTCTACCCAATTAGGTTAAGGATAATAAAATCCAGATTCTTAAATGAACGCTTAT
TCTTCTCTCCTTCTCTTTGAATCCGAATTCAAGGATGCATACATAGGAGGTATTTAGAAA
ATCCAAAAAGTTTATCCTACCCAAAAGAAGGAATTCAGACCTTGGGTTGAAAATGAATGT
ATATGTGAAGCCCCCAAACCAGGTGCAGCTTTCTTCACAGAGAGAAAACCTTAAGAACAT
ATTTTCAATACTTCTGGTTCAAATCTCAAAGAAGTATTGAAGGTTGATAAAGTAGATGCT
ACTAGAACTTATTCTAACGATATCTAAGAAATCATTACCATTCTTGGTATCGAAGCAGGT
AGAAGATCTATTGTTAATTAAATTAGAGTCGTCATTGAACCTTATGGTATTTACATCAAC
TATCGTCATTTAGCTATTTTGGCTGAGTGGATGACTGTAAGAGGTCGTTTGACTCCTATT
AATAGAAACGGTATCAATCGTATTCCTGGTTTATCTTGCCTCAGAAAATCTTCCTTTGAA
GAGACAGTAGATATTCTCAACACAGCTGCCATTTTCTTTGAAAAGGATGATTTGAAAGGT
GTTACTGAAAATATTATCTTTGGTCAAAATTGTGATATTGGTACTGGTTGCTTCGACTTA
TTAGTCGACTTGAATAAGGTTGGTGAATTTAAAACAAAGAGATAGGTTGAATAGACATTA
GAGATGGAAGATTATTCAGAAAACGAATCCTCTCGTTACGAAAATACTCCTTCTCATTTC
CAAACTCCTGGTCCCGGTCTCGTTTCTGCTTATCCTAATTCTATTAGAACAGTATAACAT
GCTGGATCTTTCACTCCAACCACTCCCTACCTAAACTCTCCTGGATACAATATGTCAACT
CCTATCTCTTACTCTAACACCTATAACCAAACCAGAAGTTCTTAATATAGTCCTCAGACA
GGCAATAATTCTCCATTTGTTCCTTCTCCAAACTACTCACCTCCAAGCCACACTCCAGCT
GGTTCAACAAGCCCTGCAAACGCTAGTCCTTATGCAAGCTCACCTTAATATAAAAGCAGT
AGTCTTAGTGGAGCTCACTCTCCCTCTTACACTTCACCTTCACAAGTGAGATATAATTCC
CCAAGTTATCAAAATCCTCATGCTAGTTCATCTAGTCCACTTGATAGATCTAAGTCAGCT
TATATGGGATCCTAACAATCACCTTAATACATGAGTTCTCCTCACTATGAATAGAGAACA
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AGTGAAGAAAGTGATTCTGATCAAGATTGA>TTHERM_00538940(gene)
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TTTTATGCAAGATTAGAATTTATTATTTAAATGGACTTCAAATATTAAGATTTACATTAG
AGGGAATATTAATTTTTAAAATTTAATGCATATTTCAAATCTTAGAATATACTTTTTAAA
AATGGATATAAATTTTTTATAGCTATTGTTTTACTATTTGATTGTAATAAGCATAAAATG
AATGTTTCAAGATTTAGCATAATTAAATAATAAGTCTATTTAAATAAATTGGAGTTTGCT
TATTCTTAGCGGTTCAAAGAGCAATCATTAAATTATTTCATAAAATAAAATAGGAAAGCT
GGTGCGTTTGTGAAATTAAAAATTTTGAAAATGGTAATAAAGAAGATGAAGGCTTTATAA
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TAAACACAGTCAAGCAAATTCTTCTCTGCGTCTGTCACAAATGTGGTGCTGTAAGAGAGC
CCCCTATTAAGGTGAATTATTATAGCAATACATTATTTTTTTCTTACAATTCGGCTGTAT
TTCTCCCTAAAATGAAATCAATTTTGCTAAAATTACCTTTGATTGTATAATTTATGAATT
CAATTCTACCGCCTTTAAAAAAAACTTAACTCATAACATCGAAATTACAAATTGCATGAA
AAAAGGAAGCATTTATAAAATAAATTAGACACAACTCAATTTTAATTTAATTGTGTTTGT
TTTTTAGAGAGAAAACAGCTTCAACATAAAGAGAAAAATAAATCATTTAATTTCTATTTA
TAAAGAATATTCAATATTAAACAATAGAGAAATGAGAGTGGTAAACCTGCAAGTAAAACA
GAATTTGCTAAACTTGAAAAGTATTTAGAAGTTATGAATATTTCTTAGCCTAAGAGAAGA
CTTAATGAATTGTATAAAATCCTTGGAAAATAATCCAAATGCCAAAACGATAAGTGCAAC
TCATATTTATTTGTTAAAGTCAGTGTAGTGAAGTTCTTAAATCTTAAAGTAGCTGAAAAG
TAAAGTGATAAGGATGCTATTGAGTATGATCTGAGTGCAGAATAAGCATTAGAAATTTTA
AAGAAGATTAGATATGCTGACTCCAAAAAGTTATTAGCTTACAAAGGTATTAAGATTTTT
AGTTAATACTTTGTAATCAAAAACCAAATGAGAGTTTTAAAATACAATCATATTTATTGA
TGATTATATTTGAATACTTCTTTTATATGTAAGTGAAATATTTTTTATATTAAAAGGATA
AAGAAAACATGATGACGATTTCTTGTAGCCAACTAATCTTATCTTAACAAAGTTGCTTGT
ACCTCCACCCTAAGTTCGCCCTTCTATTGAAATGTCATCTAATATGACCTGTCAAGATGA
ACTCACTAAATGCTATGAAGAAGTATTGAAGCTAAATGCATAAATTAAAGATAATTCTGA
TAACAGAAAGCTGGTAAATAAAACATTTTTTTAATAATTTATATTTGTTTTAAAAAATAA
AAAATCTCAGTATATAGTTTAGCAAAAATTTATTAAAATTTTAGATAGATAATATTAATT
AATATTTAAAAAGAGCAAGAATATCTTTAAAAATATAAAGCTTTATAAAATAAAATATTT
AAATGCTAAGCGAACATATTTTATGATGATATAAATTGTTTTTAGATTATGAAGTTAATT
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CGATAAACCAAGATTAGAAGCACTTAAAATTAAATCAAAGGTTGTTAAAAGTTTTTCTTA
GAGATTAAAAGGAAAAGAAGGTAGATTTAGATAAAATTTAATGGGTAAAAGAGTAGATTT
TTCTGCAAGATCTGTTATTTCCCCAGATGCAAATTTATGGTTGGATGAATTAGGTGTTCC
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AATTCGTGAATTATGGAAGTAAGGCAAAATTAAAAGTATTATGAAACCTAATCGTGAAAA
ATAGATTTATGAAGCTTACGATGCTATTATTTGCAGTGGTGATAGATAAGCTGATGATAA
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TATTGTTCATAAATAAAAATAGGTGTTATTATTGAAAGAGCCTTATAGAATGGTGATTAT
GTGCTATTTAACCGTTAGCCCTCTCTCCATAAAATGAGTATGATGGGACATAGAGTTAGA
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TGAATTGAAAATATCTTTTTAAAAAGTTAATTTAAATATAAAGGTGTTGAACTTGGTTAT
ATTTGCCATGTTCCTAGATAAATTGTCACTCCCAAGGCTAACAAACCAGTTATGGGTTTG
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GAATAAGTTATGAATTTAGTTATGTGGATTGACAATTGGGAAGGAGACCTACCCATGCCT
GCTATTCTTAAACCTGAACCTTTATGGACTGGTAAATAAATTATGTCTTTAGTCATTCCT
GAATAAATGACTATGACCAGATTCAAAGGTGACAAGGAAGATGACAAGTGGTTCCATAAA
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GGCTATATGAATAAGGCTATTGTTGGTGATGGTCCTGGTGGTTTAGTCCATTTGATTTGG
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GAAAAGAAAGCAGAAGAAACAATTAAATTCAAGTATATTTATTTATTTACTTTTAAAAAT
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AAAAAATAAATGTAATAATTGTTTTAAATATATACAGGTTTAAAGCCCTACGAATTCTTC
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TGTTTCTTATGAGTTGGTTTAATTTTATTAAAGGTGAAACCATTGGTGCTATTTCAGCTT
AATCTGTAGGTGAACCCACAACATAAATGACTTTGAATACTTTCCACTTTGCAGGTGTGT
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AGGATGCATACATAGGAGGTATTTAGAAAATCCAAAAAGTTTATCCTACGTAATATTTTA
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ACATAACTATCAATTAATTATTTATTTTATATTTAATAGCCAAAAGAAGGAATTCAGACC
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